Hitung metrik bias penggunaan kodon — RSCU, konten GC3, dan jumlah kodon efektif (ENC) — untuk setiap urutan pengkodean. Gunakan alat ini ketika mengoptimalkan gen untuk ekspresi heterolog: gen inang yang berekspresi tinggi biasanya menggunakan subset kodon pilihan, dan mencocokkan penggunaan kodon gen Anda dengan kumpulan tRNA inang dapat meningkatkan hasil protein secara signifikan. Nilai ENC yang rendah (mendekati 20) menunjukkan bias yang kuat terhadap subset kodon, sedangkan nilai yang mendekati 61 menunjukkan penggunaan yang relatif seragam di seluruh kodon sinonim.

Metrik

• RSCU (Penggunaan Kodon Sinonim Relatif): Rasio frekuensi yang diamati terhadap frekuensi yang diharapkan
• Konten GC3: Konten GC pada posisi kodon ketiga
• ENC (Jumlah Kodon Efektif): Mengukur bias penggunaan kodon (20 = bias ekstrim, 61 = tidak ada bias)