计算任何编码序列的密码子使用偏差指标 - RSCU、GC3 含量和有效密码子数 (ENC)。 优化异源表达基因时使用此工具:高表达的宿主基因通常使用首选的密码子子集,并且将基因的密码子使用与宿主的 tRNA 库相匹配可以显着提高蛋白质产量。 低 ENC 值(接近 20)表明对密码子子集的强烈偏向,而接近 61 的值表明同义密码子的使用相对统一。
指标
- RSCU(相对同义密码子使用):观察到的频率与预期频率的比率
- GC3 含量:第三个密码子位置的 GC 含量
- ENC(有效密码子数):测量密码子使用偏差(20 = 极端偏差,61 = 无偏差)