扫描核苷酸序列的所有六个阅读框,以识别由起始 (ATG) 和终止密码子界定的开放阅读框,并具有可调节的最小长度过滤。 在注释新组装的基因组、验证克隆的基因或在未表征的序列中搜索潜在的蛋白质编码区域时,可以使用此工具。 该图显示了所有帧中的 ORF 位置,从统计上看,较长的 ORF 更有可能代表真正的蛋白质编码基因——低于 100 个密码子的短 ORF 通常是随机序列的误报。
它是如何工作的
- 扫描全部 6 个阅读框(3 个正向、3 个反向补码)
- 识别从起始密码子 (ATG) 到终止密码子 (TAA/TAG/TGA) 的 ORF
- 可调节最小 ORF 长度过滤器
- 每个ORF被翻译成其蛋白质序列
- 图形地图提供 ORF 位置的直观概览