Berechnen Sie Codon-Usage-Bias-Metriken – RSCU, GC3-Gehalt und effektive Anzahl von Codons (ENC) – für jede Codierungssequenz. Verwenden Sie dieses Tool, wenn Sie ein Gen für die heterologe Expression optimieren: Hoch exprimierte Wirtsgene verwenden normalerweise eine bevorzugte Untergruppe von Codons, und die Anpassung der Codonverwendung Ihres Gens an den tRNA-Pool des Wirts kann die Proteinausbeute erheblich verbessern. Niedrige ENC-Werte (nahe 20) deuten auf eine starke Tendenz hin zu einer Untergruppe von Codons hin, während Werte nahe 61 auf eine relativ gleichmäßige Verwendung über synonyme Codons hindeuten.

Metriken

• RSCU (Relative Synonymous Codon Usage): Verhältnis der beobachteten zur erwarteten Häufigkeit
• GC3-Inhalt: GC-Inhalt an der dritten Codon-Position
• ENC (Effektive Anzahl von Codons): Misst die Verzerrung der Codon-Nutzung (20 = extreme Verzerrung, 61 = keine Verzerrung)