Teilen Sie eine Sequenz in alle möglichen Teilzeichenfolgen der Länge k auf und zählen Sie deren Häufigkeiten, um die kompositorische Signatur der Sequenz zu ermitteln. Verwenden Sie dieses Tool, um die Sequenzierungsqualität zu bewerten, Kontaminationen zu erkennen oder Genomassemblierungen zu vergleichen – k-mer-Profile unterscheiden sich deutlich zwischen den Arten und können Probenverwechslungen oder GC-Verzerrungen aufdecken. Eine glatte, nahezu Poisson-Häufigkeitsverteilung weist auf eine gleichmäßige Abdeckung hin, während unerwartete Peaks auf Wiederholungen, Kontaminationen oder Sequenzierungsartefakte hinweisen, die vor der weiteren Analyse untersucht werden sollten.

Über die K-mer-Analyse

K-mere sind Teilketten der Länge k innerhalb einer biologischen Sequenz. Die K-mer-Zählung ist für viele bioinformatische Anwendungen von grundlegender Bedeutung, einschließlich Genomassemblierung, Sequenzvergleich und Metagenomik.