Elektroforesis gel agarosa adalah teknik laboratorium fundamental yang digunakan untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukurannya. Ketika ilmuwan perlu menganalisis DNA setelah digesti restriksi, PCR, atau pemurnian, mereka beralih ke elektroforesis gel untuk memvisualisasikan hasilnya.
Cara Kerja Elektroforesis Gel Agarosa
Teknik ini bergantung pada fakta bahwa DNA bermuatan negatif dan akan bermigrasi menuju elektroda positif ketika ditempatkan dalam medan listrik.
- Menyiapkan Gel
Bubuk agarosa dicampur dengan buffer TAE atau TBE (biasanya 1× TAE atau 0,5× TBE) dan dipanaskan hingga larut. Agarosa cair dituangkan ke dalam cetakan dengan sisir dimasukkan untuk membuat sumur. Saat mendingin, ia memadat menjadi matriks gel berpori.
- Memuat Sampel
Sampel DNA dicampur dengan pewarna pemuat yang mengandung gliserol (untuk membuatnya tenggelam) dan pewarna pelacak (untuk memantau migrasi). Sampel dipipet ke dalam sumur gel. Tangga DNA — campuran fragmen dengan ukuran yang diketahui — dimuat di sumur pertama sebagai referensi ukuran.
- Elektroforesis
Arus listrik diterapkan melintasi gel. Karena DNA bermuatan negatif, fragmen bergerak melalui gel menuju elektroda positif. Fragmen yang lebih kecil menavigasi pori-pori gel dengan mudah dan bergerak cepat, sementara fragmen yang lebih besar bergerak lebih lambat. Seiring waktu, fragmen-fragmen tersebut terpisah menjadi pita-pita yang berbeda berdasarkan ukurannya.
- Visualisasi
Setelah elektroforesis, gel diwarnai dengan pewarna pengikat DNA seperti etidium bromida atau SYBR Safe. Ketika ditempatkan di bawah sinar UV, pewarna berpendar, mengungkapkan pita DNA. Dengan membandingkan posisi pita dengan tangga DNA, ilmuwan dapat menentukan ukuran setiap fragmen.
