PCR multipleks adalah variasi dari PCR standar yang mengamplifikasi beberapa target DNA dalam satu reaksi. Dengan menyertakan beberapa pasang primer, ilmuwan dapat mendeteksi dan menganalisis banyak gen atau sekuens sekaligus, menghemat waktu, reagen, dan bahan sampel.
Cara Kerja PCR Multipleks
- Desain Primer
Beberapa pasang primer dirancang, masing-masing spesifik untuk sekuens target yang berbeda. Primer harus memiliki suhu leleh yang mirip untuk bekerja dalam kondisi siklus termal yang sama. Setiap amplicon dirancang dengan ukuran yang berbeda sehingga produk dapat dibedakan dengan elektroforesis gel.
- Optimasi Reaksi
Menyeimbangkan konsentrasi primer sangat penting. Primer yang mengamplifikasi secara efisien mungkin perlu dikurangi, sementara primer yang lemah mungkin perlu ditingkatkan. Konsentrasi magnesium dan suhu annealing dioptimalkan untuk memastikan semua target teramplifikasi tanpa menciptakan primer-dimer atau produk non-spesifik.
- Amplifikasi
Reaksi mengalami siklus termal standar. Semua target diamplifikasi secara simultan dalam tabung yang sama. Sifat eksponensial PCR berarti bahwa bahkan perbedaan kecil dalam efisiensi dapat mempengaruhi jumlah relatif setiap produk.
- Analisis
Produk PCR dipisahkan dengan elektroforesis gel agarosa. Setiap target menghasilkan pita pada ukuran spesifiknya, memungkinkan identifikasi target mana yang ada. Dalam PCR multipleks kuantitatif, probe fluoresen memungkinkan deteksi real-time dari setiap target di saluran warna yang berbeda.
- Aplikasi
PCR multipleks digunakan dalam deteksi patogen (mengidentifikasi beberapa virus atau bakteri dalam satu tes), skrining genetik, profil DNA forensik, dan genotipasi. Kemampuan untuk menguji beberapa target dalam satu reaksi membuatnya sangat berharga dalam diagnostik klinis.
