Le Southern Blot est une technique de laboratoire utilisée pour détecter une séquence d’ADN spécifique dans un échantillon génomique complexe. Nommé d’après son inventeur, Edwin Southern, cette méthode permet aux scientifiques d’extraire une seule « phrase » d’information génétique d’une bibliothèque contenant des millions de mots. C’est la référence pour vérifier les insertions de gènes, identifier les mutations génétiques, et a été le fondement original de l’« empreinte génétique » en science forensique.
Comment Fonctionne le Southern Blotting
Parce qu’un génome est si massif, on ne peut pas simplement le faire migrer sur un gel et s’attendre à voir des gènes individuels ; cela ressemblerait à une traînée continue. Le Southern blotting utilise des coupures précises et des sondes de type « velcro » pour trouver la cible.
- Digestion
L’ADN extrait est traité avec des enzymes de restriction. Ces ciseaux moléculaires coupent l’ADN uniquement à des séquences spécifiques, découpant les longs brins génomiques en milliers de fragments plus petits de longueurs variées.
- Électrophorèse
Les fragments d’ADN sont séparés par taille en utilisant un gel d’agarose. Les petits fragments se déplacent rapidement dans le gel, tandis que les gros restent près du sommet. Pour rendre l’ADN « collant » pour l’étape suivante, le gel est traité avec une solution alcaline pour dénaturer l’ADN double brin en brins simples.
- Transfert
L’ADN est transféré du gel fragile vers une membrane solide en nylon ou nitrocellulose. Cela se fait généralement par capillarité : une pile de serviettes en papier sèches aspire le tampon SSC (saline-sodium citrate) à travers le gel et la membrane. Lorsque le liquide se déplace, il entraîne l’ADN hors du gel et le piège en permanence à la surface de la membrane.
- Hybridation et Détection
La membrane est incubée avec une sonde d’ADN marquée — un court morceau d’ADN simple brin qui est l’image miroir exacte de la séquence cible. La sonde « chasse » à travers la membrane jusqu’à ce qu’elle trouve sa correspondance et s’y attache (hybridation). Après avoir lavé l’excès de sonde, la membrane est exposée à un film radiographique ou à un scanner numérique pour révéler l’emplacement exact et la taille du gène cible.
