Mikrobiologi klinis adalah cabang kedokteran laboratorium yang berfokus pada diagnosis penyakit infeksi. Ini mencakup pengumpulan dan transportasi spesimen, isolasi dan identifikasi patogen, pengujian kerentanan antimikroba, dan komunikasi hasil untuk memandu manajemen pasien.
Pengumpulan dan Transportasi Spesimen
Untuk kultur darah, 20-30 mL darah dikumpulkan secara aseptis dan diinokulasi ke dalam botol kultur aerob dan anaerob, dengan dua hingga tiga set dari tempat venipunktur terpisah untuk meningkatkan hasil. Spesimen urin dikumpulkan melalui midstream clean-catch, kateterisasi, atau aspirasi suprapubik dan harus dikultur dalam waktu 2 jam atau didinginkan hingga 24 jam. Spesimen pernapasan meliputi sputum (kualitas dinilai dengan pewarnaan Gram untuk sel epitel skuamosa dan neutrofil), bronchoalveolar lavage (BAL), cucian bronkial, dan cairan pleura. Untuk spesimen luka dan jaringan, aspirat lebih disukai daripada swab, dan biopsi jaringan diproses untuk histopatologi dan kultur. CSF dikumpulkan melalui pungsi lumbal dan segera diangkut ke laboratorium untuk pewarnaan Gram, kultur, hitung sel, glukosa, dan analisis protein. Spesimen feses digunakan untuk kultur patogen enterik, pengujian toksin C. difficile, atau pemeriksaan telur dan parasit, dan panel molekuler (panel GI) dapat mendeteksi beberapa patogen secara simultan.
Pewarnaan Gram dan Pemeriksaan Langsung
Pewarnaan Gram adalah tes diagnostik cepat yang paling penting, memberikan klasifikasi awal (Gram-positif vs. Gram-negatif, morfologi) dalam hitungan menit. Pewarnaan tahan asam (Ziehl-Neelsen, auramine-rhodamine) mendeteksi mikobakteri, dan pewarnaan tahan asam termodifikasi digunakan untuk Nocardia dan Cryptosporidium. Sediaan calcofluor white dan kalium hidroksida (KOH) mendeteksi elemen jamur dalam spesimen klinis. Tes deteksi antigen meliputi antigen kriptokokus (CSF/serum), antigen urin Legionella, antigen urin pneumokokus, dan antigen Histoplasma.
Kultur dan Identifikasi
Media rutin meliputi agar darah (organisme fastidious), agar MacConkey (bakteri enterik Gram-negatif), agar cokelat (Neisseria, Haemophilus), dan media selektif untuk patogen spesifik. Kondisi inkubasi bervariasi: 35-37°C di udara ambien untuk sebagian besar bakteri, 5% CO2 untuk kapnofil, kondisi anaerob untuk Clostridium dan Bacteroides, dan suhu spesifik untuk mikobakteri (37°C) dan jamur (25-30°C). Metode identifikasi meliputi morfologi koloni, pewarnaan Gram, tes biokimia (katalase, koagulase, oksidase, strip API), sistem otomatis (Vitek 2, Phoenix, MALDI-TOF MS), dan metode molekuler (sekuensing 16S rRNA, PCR). MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight) menyediakan identifikasi tingkat spesies yang cepat (menit) berdasarkan profil spektral protein.
Kelompok Patogen Khusus
Mikobakteri seperti M. tuberculosis memerlukan fasilitas BSL-3 dan inkubasi yang berkepanjangan (2-6 minggu), dengan tes amplifikasi asam nukleat (NAAT) dan interferon-gamma release assays (IGRA) membantu diagnosis. Anaerob termasuk Bacteroides, Clostridium, Peptostreptococcus, dan Fusobacterium memerlukan transportasi bebas oksigen dan sistem kultur khusus (kamar anaerob, GasPak). Organisme fastidious seperti Neisseria gonorrhoeae, Haemophilus influenzae, Legionella pneumophila, dan Streptococcus pneumoniae memerlukan media yang diperkaya dan kondisi atmosfer tertentu. Jamur meliputi ragi (Candida, Cryptococcus) yang tumbuh dengan mudah pada media rutin, kapang (Aspergillus, Fusarium) yang memerlukan inkubasi lebih lama, dan jamur dimorfik (Histoplasma, Coccidioides) yang merupakan patogen BSL-3.
Pengujian Kerentanan Antimikroba
AST dilakukan pada isolat yang signifikan secara klinis menggunakan difusi disk, mikrodilusi kaldu, difusi gradien (Etest), atau sistem otomatis. Hasil diinterpretasikan menggunakan breakpoint CLSI atau EUCAST sebagai Rentan (S), Intermediet (I), atau Resisten (R). Skrining untuk mekanisme resistensi meliputi ESBL, karbapenemase (KPC, NDM, OXA), MRSA (skrining sefoksitin, mecA/PBP2a), VRE (vanA/vanB), dan resistensi klindamisin yang dapat diinduksi (D-test).
Pelaporan Laboratorium dan Kualitas
Pelaporan nilai kritis berarti bahwa kultur darah positif, pewarnaan Gram CSF, dan deteksi patogen tertentu segera diberitahukan kepada dokter. Laporan awal memberikan hasil pewarnaan Gram dalam waktu 1 jam, sementara hasil kultur akhir dan kerentanan biasanya memerlukan 48-72 jam. Kontrol kualitas melibatkan pengujian profisiensi rutin, kontrol kualitas internal untuk setiap pengujian, dan kepatuhan terhadap standar CLSI atau ISO 15189. Sistem informasi laboratorium (LIS) memfasilitasi pelaporan hasil, peringatan pengelolaan antimikroba, dan pembuatan antibiogram kumulatif.
