临床微生物学是检验医学中专注于感染性疾病诊断的分支。它包括标本采集与运输、病原体分离与鉴定、抗菌药物敏感性试验以及结果报告以指导患者管理。
标本采集与运输
- 血培养：无菌采集20-30 mL血液，接种到需氧和厌氧培养瓶中。从不同静脉穿刺部位采集2-3套可提高检出率。
- 尿液：中段清洁尿、导尿或耻骨上穿刺标本。应在2小时内培养或冷藏保存最多24小时。
- 呼吸道标本：痰液（通过革兰染色评估鳞状上皮细胞和中性粒细胞质量）、支气管肺泡灌洗液、支气管冲洗液和胸水。
- 伤口和组织标本：首选穿刺液而非拭子。组织活检用于组织病理学和培养。
- 脑脊液：通过腰椎穿刺采集，立即送检实验室。用于革兰染色、培养、细胞计数、葡萄糖和蛋白质分析。
- 粪便：用于肠道病原菌培养、艰难梭菌毒素检测或虫卵和寄生虫检查。分子检测板（GI panel）可同时检测多种病原体。
革兰染色与直接检查
- 革兰染色是最重要的快速诊断试验，可在数分钟内提供初步分类（革兰阳性与革兰阴性、形态）。
- 抗酸染色（Ziehl-Neelsen法、金胺-罗丹明法）检测分枝杆菌。改良抗酸染色用于诺卡菌和隐孢子虫。
- 钙荧光白和氢氧化钾（KOH）制片检测临床标本中的真菌成分。
- 抗原检测试验：隐球菌抗原（脑脊液/血清）、军团菌尿抗原、肺炎球菌尿抗原和组织胞浆菌抗原。
培养与鉴定
- 常规培养基：血琼脂（苛养菌）、MacConkey琼脂（革兰阴性肠道菌）、巧克力琼脂（奈瑟菌、嗜血杆菌）以及针对特定病原体的选择性培养基。
- 孵育条件：35-37°C，普通空气（大多数细菌）、5% CO2（嗜二氧化碳菌）、厌氧条件（梭菌、拟杆菌）以及特定温度用于分枝杆菌（37°C）和真菌（25-30°C）。
- 鉴定方法：菌落形态、革兰染色、生化试验（触酶、凝固酶、氧化酶、API试条）、自动化系统（Vitek 2、Phoenix、MALDI-TOF MS）和分子方法（16S rRNA测序、PCR）。
- MALDI-TOF MS（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱）基于蛋白质谱图谱在数分钟内提供快速、种水平的鉴定。
特殊病原体类群
- 分枝杆菌：结核分枝杆菌需要BSL-3设施和延长孵育时间（2-6周）。核酸扩增试验（NAAT）和γ干扰素释放试验（IGRA）辅助诊断。
- 厌氧菌：拟杆菌、梭菌、消化链球菌和梭杆菌需要无氧运输和专门的培养系统（厌氧手套箱、GasPak）。
- 苛养菌：淋病奈瑟菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌和肺炎链球菌需要富集培养基和特定气体条件。
- 真菌：酵母菌（念珠菌、隐球菌）在常规培养基上容易生长；霉菌（曲霉、镰刀菌）需要更长的孵育时间；双相真菌（组织胞浆菌、球孢子菌）为BSL-3病原体。
抗菌药物敏感性试验
- 对临床显著分离株使用纸片扩散法、肉汤微量稀释法、梯度扩散法（Etest）或自动化系统进行检测。
- 结果使用CLSI或EUCAST折点判读为敏感（S）、中介（I）或耐药（R）。
- 耐药机制筛查：ESBL、碳青霉烯酶（KPC、NDM、OXA）、MRSA（头孢西丁筛查、mecA/PBP2a）、VRE（vanA/vanB）和可诱导克林霉素耐药（D试验）。
实验室报告与质量
- 危急值报告：阳性血培养、脑脊液革兰染色结果和某些病原体检测结果应立即通知临床医生。
- 初步报告在1小时内提供革兰染色结果；最终培养和药敏结果通常需要48-72小时。
- 质量控制：定期能力验证、每项检测的内部质量控制和遵循CLSI或ISO 15189标准。
- 实验室信息系统（LIS）促进结果报告、抗菌药物管理警报和累积药敏谱生成。
