概述

质谱蛋白质鉴定是蛋白质组学的基石。基本工作流程包括使用胰蛋白酶等蛋白酶将蛋白质消化成肽段，测量完整肽段的质量（MS1），然后碎裂选定的肽段以生成揭示其氨基酸序列的串联质谱（MS/MS）。生成的谱图与源自蛋白质序列数据库的理论谱进行匹配以分配身份。这种自下而上或鸟枪法方法具有高度可扩展性，可在单次实验中从复杂混合物中鉴定数千种蛋白质。

方法

肽质量指纹图谱（PMF）通过将实验测量的肽质量列表与从数据库计算的理论肽质量进行匹配来鉴定蛋白质。PMF 最适合简单蛋白质混合物或通过 SDS-PAGE 等技术分离的纯化蛋白质。串联质谱（MS/MS）鉴定碎裂单个肽段以产生含序列信息的谱图。搜索引擎将观察到的碎片离子系列——主要是 b 离子和 y 离子——与候选肽段的预测系列进行比较。当找不到数据库匹配时，从头测序直接根据谱图推断肽段序列，利用连续碎片离子之间的质量差来推导序列。

应用

蛋白质鉴定应用于整个分子生物学和临床研究。它确认通过蛋白质提取与纯化获得的纯化蛋白质的身份，表征蛋白质组学与质谱分析实验中各组分的特征，并识别与诱饵蛋白共纯化的蛋白质复合物。在微生物学中，它通过基于质谱的蛋白质分型用于鉴定细菌物种，补充基因组学方法。