La PCR sur colonie est une technique de criblage rapide utilisée pour déterminer si des colonies bactériennes contiennent un plasmide avec le bon insert d’ADN. Au lieu de purifier l’ADN plasmidique de chaque colonie au préalable, la PCR est effectuée directement sur une petite quantité de cellules bactériennes.
Comment Fonctionne la PCR sur Colonie
- Sélection des Colonies
Des colonies bactériennes individuelles poussant sur une boîte de gélose sont prélevées à l’aide d’un embout de pipette stérile ou d’un cure-dent. Chaque colonie est touchée brièvement, transférant une infime quantité de cellules. Le même embout est utilisé pour inoculer à la fois le tube de PCR et une plaque maîtresse pour une culture ultérieure.
- Lyse Cellulaire
Les cellules bactériennes sont chauffées à 95 °C pendant plusieurs minutes lors de l’étape de dénaturation initiale de la PCR. Ce traitement thermique lyse les cellules, libérant l’ADN plasmidique dans le mélange réactionnel. L’ADN libéré sert ensuite de matrice pour l’amplification.
- Amplification par PCR
Des amorces qui flanquent la région de l’insert dans le plasmide sont utilisées. Si la colonie contient un plasmide avec le bon insert, la PCR produira une bande à la taille attendue. Si le plasmide est vide (sans insert), la bande sera plus petite. Si la colonie ne contient pas du tout le plasmide, aucune bande ne sera produite.
- Analyse sur Gel
Les produits de PCR sont analysés par électrophorèse sur gel d’agarose. Les colonies qui produisent une bande à la taille d’insert attendue sont identifiées comme positives. Ces colonies peuvent ensuite être cultivées pour la purification du plasmide et une analyse plus approfondie.
- Avantages
La PCR sur colonie est rapide et peu coûteuse, permettant de cribler des dizaines de colonies en quelques heures. Elle élimine le besoin de purification du plasmide avant le criblage et constitue une première étape standard dans les workflows de clonage moléculaire.
