Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires constitués de matériel génétique (ADN ou ARN) enfermé dans une capside protéique, parfois entourée d’une enveloppe lipidique. Ils ne sont pas considérés comme des organismes vivants car ils ne peuvent pas se répliquer ni effectuer de processus métaboliques en dehors d’une cellule hôte.
Structure Virale de Base
Le génome viral peut être soit de l’ADN soit de l’ARN, simple brin ou double brin, linéaire ou circulaire, et segmenté ou non segmenté ; les génomes viraux sont significativement plus petits que les génomes cellulaires, généralement de 3 à 200 kb. La capside est une coque protéique composée de sous-unités répétées appelées capsomères qui protège le génome viral, et les capsides présentent une symétrie icosaédrique, hélicoïdale ou complexe. L’enveloppe est une bicouche lipidique dérivée de la membrane de la cellule hôte, parsemée de glycoprotéines virales (spicules) qui médient l’attachement et l’entrée dans la cellule hôte. Les protéines de matrice se trouvent dans les virus enveloppés entre la capside et l’enveloppe, assurant l’intégrité structurale.
Symétrie de la Capside
La symétrie icosaédrique présente vingt faces triangulaires formant une coque sphérique, comme on le voit chez l’adénovirus, l’herpesvirus et le poliovirus, avec des nombres de capsomères variables (ex. 252 chez l’adénovirus). La symétrie hélicoïdale a des capsomères disposés en hélice autour du génome, formant une structure en forme de bâtonnet ou filamenteuse, comme on le voit chez le virus de la mosaïque du tabac, le virus de la rage et le virus Ebola. La symétrie complexe décrit des virus comme les poxvirus et les bactériophages qui ne correspondent pas à une symétrie icosaédrique ou hélicoïdale simple, contenant souvent des structures spécialisées telles que des queues et des fibres.
Classification par Type de Génome
La classification de Baltimore divise les virus en sept groupes basés sur le type de génome et la stratégie de réplication. Le groupe I comprend les virus à ADNdb (ex. adénovirus, herpesvirus) ; le groupe II comprend les virus à ADNsb (ex. parvovirus) ; le groupe III comprend les virus à ARNdb (ex. réovirus) ; le groupe IV comprend les virus à ARNsb de sens positif (ex. coronavirus, poliovirus) ; le groupe V comprend les virus à ARNsb de sens négatif (ex. grippe, rage) ; le groupe VI comprend les rétrovirus à ARNsb-RT (ex. VIH) ; et le groupe VII comprend les virus à ADNdb-RT (ex. virus de l’hépatite B).
Classification Taxonomique
Dans la taxonomie virale, l’ordre est le rang taxonomique le plus élevé (ex. Mononegavirales, Herpesvirales). Les noms de famille se terminent par -viridae (ex. Picornaviridae, Coronaviridae, Retroviridae). Les noms de genre se terminent par -virus (ex. Enterovirus, Betacoronavirus, Lentivirus). Une espèce est définie comme un groupe monophylétique de virus partageant des propriétés biologiques et génomiques communes.
Morphologie Virale
Les virus nus (non enveloppés) ont leur capside directement exposée, ce qui les rend résistants au dessèchement, aux acides et aux détergents, et ils sont généralement transmis par voie fécale-orale et par les fomites. Les virus enveloppés sont plus sensibles aux conditions environnementales, à la chaleur et aux désinfectants, et sont généralement transmis par contact direct, le sang ou les gouttelettes respiratoires.
