Calculez les mesures de biais d’utilisation des codons – RSCU, contenu GC3 et nombre effectif de codons (ENC) – pour n’importe quelle séquence de codage. Utilisez cet outil lors de l’optimisation d’un gène pour l’expression hétérologue : les gènes hôtes hautement exprimés utilisent généralement un sous-ensemble préféré de codons, et faire correspondre l’utilisation des codons de votre gène au pool d’ARNt de l’hôte peut améliorer considérablement le rendement en protéines. De faibles valeurs ENC (approchant 20) indiquent un fort biais en faveur d’un sous-ensemble de codons, tandis que des valeurs proches de 61 suggèrent une utilisation relativement uniforme entre les codons synonymes.

Métriques

• RSCU (Relative Synonymous Codon Usage) : rapport entre la fréquence observée et la fréquence attendue
• Contenu GC3 : contenu GC à la troisième position du codon
• ENC (nombre effectif de codons) : mesure le biais d’utilisation des codons (20 = biais extrême, 61 = aucun biais)