Divisez une séquence en toutes les sous-chaînes possibles de longueur k et comptez leurs fréquences pour révéler la signature compositionnelle de la séquence. Utilisez cet outil pour évaluer la qualité du séquençage, détecter une contamination ou comparer des assemblages de génomes : les profils k-mer diffèrent sensiblement d’une espèce à l’autre et peuvent révéler des confusions d’échantillons ou des biais de GC. Une distribution de fréquence douce proche de Poisson indique une couverture uniforme, tandis que des pics inattendus suggèrent des répétitions, une contamination ou des artefacts de séquençage qui doivent être étudiés avant une analyse plus approfondie.

À propos de l’analyse K-mer

Les K-mers sont des sous-chaînes de longueur k dans une séquence biologique. Le comptage des K-mers est fondamental pour de nombreuses applications bioinformatiques, notamment l’assemblage du génome, la comparaison de séquences et la métagénomique.