Scannez les six cadres de lecture d’une séquence nucléotidique pour identifier les cadres de lecture ouverts délimités par les codons d’initiation (ATG) et d’arrêt, avec un filtrage de longueur minimale réglable. Utilisez cet outil pour annoter un génome nouvellement assemblé, valider un gène cloné ou rechercher des régions potentielles codant pour des protéines dans une séquence non caractérisée. La carte graphique affiche les positions des ORF dans toutes les images, et les ORF plus longs sont statistiquement plus susceptibles de représenter de véritables gènes codant pour des protéines — les ORF courts inférieurs à 100 codons sont souvent des faux positifs issus d’une séquence aléatoire.

Comment ça marche

• Scanne les 6 cadres de lecture (3 avant, 3 complément inverse)
• Identifie les ORF du codon d’initiation (ATG) au codon d’arrêt (TAA/TAG/TGA)
• Filtre de longueur ORF minimale réglable
• Chaque ORF est traduit en sa séquence protéique
• La carte graphique fournit un aperçu visuel des positions ORF