Présentation
La protéomique ciblée se concentre sur la quantification d’un ensemble prédéfini de protéines avec une haute sensibilité, spécificité et rapidité, contrairement à la protéomique de découverte qui vise une couverture large et non ciblée. La technique la plus largement adoptée est la surveillance de réaction sélectionnée (SRM, également appelée surveillance de réaction multiple ou MRM) réalisée sur des spectromètres de masse triple quadripôle. Les analyses SRM ciblent des transitions précurseur-fragment peptidiques spécifiques, appelées peptides protéotypiques, qui représentent de manière unique la protéine d’intérêt. Cette approche offre une précision quantitative comparable aux immunoessais tout en offrant une capacité de multiplexage plus élevée et un développement d’analyse plus rapide.
Méthodes
Le développement de l’analyse commence par la sélection de peptides protéotypiques — des peptides uniques à la protéine cible, qui volent bien dans le spectromètre de masse et produisent des ions fragments intenses. Pour chaque peptide, plusieurs transitions (m/z de l’ion précurseur vers m/z de l’ion fragment) sont surveillées pendant la période d’élution chromatographique. Les étalons internes, généralement des versions marquées aux isotopes stables des peptides cibles, sont ajoutés à l’échantillon à des concentrations connues pour permettre une quantification absolue. La surveillance de réaction parallèle (PRM) sur les instruments Orbitrap offre une approche apparentée avec une acquisition à haute résolution en spectre complet. Les méthodes d’acquisition indépendante des données (DIA) comme SWATH-MS comblent le fossé entre l’analyse de découverte et l’analyse ciblée en enregistrant tous les ions fragments de tous les précurseurs de manière systématique.
Applications
La protéomique ciblée est la méthode de choix pour vérifier et valider les biomarqueurs candidats découverts dans les études non ciblées. Elle est largement utilisée en recherche clinique pour quantifier des panels de protéines liées à des maladies spécifiques. Les analyses complètent les mesures traditionnelles par ELISA, offrent une alternative aux approches basées sur les gels et peuvent être multiplexées pour suivre des dizaines de protéines en une seule analyse. L’intégration avec la séparation par HPLC et la détection par spectrométrie de masse garantit une quantification robuste, tandis que les essais de quantification des protéines fournissent une validation orthogonale de la concentration protéique totale.
