Visión General
La proteómica dirigida se centra en cuantificar un conjunto predefinido de proteínas con alta sensibilidad, especificidad y rendimiento, en contraste con la proteómica de descubrimiento que busca una cobertura amplia y no dirigida. La técnica más ampliamente adoptada es el monitoreo de reacción seleccionada (SRM, también llamado monitoreo de reacción múltiple o MRM) realizado en espectrómetros de masas de triple cuadrupolo. Los ensayos SRM se dirigen a transiciones específicas de precursor de péptido a fragmento, conocidas como péptidos proteotípicos, que representan de manera única la proteína de interés. Este enfoque ofrece una precisión cuantitativa comparable a los inmunoensayos, ofreciendo mayor capacidad de multiplexado y un desarrollo de ensayos más rápido.
Métodos
El desarrollo del ensayo comienza con la selección de péptidos proteotípicos — péptidos que son únicos para la proteína diana, vuelan bien en el espectrómetro de masas y producen iones de fragmentos intensos. Para cada péptido, se monitorean varias transiciones (m/z del ión precursor a m/z del ión fragmento) a lo largo del período de elución cromatográfica. Los estándares internos, típicamente versiones marcadas con isótopos estables de los péptidos diana, se añaden a la muestra en concentraciones conocidas para permitir la cuantificación absoluta. El monitoreo de reacción paralela (PRM) en instrumentos Orbitrap ofrece un enfoque relacionado con adquisición de espectro completo de alta resolución. Los métodos de adquisición independiente de datos (DIA) como SWATH-MS tienden un puente entre el análisis de descubrimiento y el dirigido al registrar todos los iones de fragmentos de todos los precursores de manera sistemática.
Aplicaciones
La proteómica dirigida es el método de elección para verificar y validar biomarcadores candidatos descubiertos en estudios no dirigidos. Se utiliza extensamente en investigación clínica para cuantificar paneles de proteínas vinculadas a enfermedades específicas. Los ensayos complementan las mediciones tradicionales de ELISA, ofrecen una alternativa a los enfoques basados en geles y pueden multiplexarse para rastrear docenas de proteínas en una sola ejecución. La integración con separación por HPLC y detección por espectrometría de masas garantiza una cuantificación robusta, mientras que los ensayos de cuantificación de proteínas proporcionan validación ortogonal de la concentración total de proteínas.
