Gambaran Umum
Studi asosiasi seluruh genom (GWAS) adalah analisis skala besar yang memindai genom ribuan individu untuk mengidentifikasi varian genetik yang terkait dengan sifat atau penyakit tertentu. Dengan membandingkan frekuensi alel antara kasus dan kontrol, GWAS dapat menentukan lokus genom yang berkontribusi pada fenotip kompleks seperti tinggi badan, diabetes, atau penyakit kardiovaskular. Pendekatan ini bebas hipotesis — ia memeriksa jutaan SNP di seluruh genom tanpa asumsi sebelumnya tentang gen mana yang terlibat. Sejak GWAS pertama tahun 2005, metode ini telah mengungkap puluhan ribu lokus terkait sifat.
Metode
GWAS tipikal berlangsung melalui beberapa tahap. Pertama, peserta studi digenotip menggunakan array SNP atau DNA sequencing. Setelah kontrol kualitas (menyaring SNP berdasarkan call rate, keseimbangan Hardy-Weinberg, dan frekuensi alel minor), data menjalani imputasi untuk menyimpulkan varian yang tidak ditipifikasi menggunakan panel referensi. Pengujian asosiasi dilakukan menggunakan regresi logistik atau model campuran linier yang mengoreksi stratifikasi populasi. Ambang signifikansi seluruh genom yang ketat (p < 5 × 10⁻⁸) memperhitungkan pengujian berganda di jutaan SNP. Hasil divisualisasikan dalam plot Manhattan yang menunjukkan posisi kromosom versus signifikansi, dan plot Q-Q menilai bias sistematis.
Aplikasi
GWAS telah mengubah pemahaman kita tentang genetika penyakit umum. Ini telah mengidentifikasi ratusan lokus untuk diabetes tipe 2, penyakit arteri koroner, dan gangguan autoimun, banyak di antaranya mengarah pada jalur biologis yang tidak terduga. Dalam penelitian kanker, lokus GWAS telah mengungkap gen kerentanan baru dan target potensial cancer biochemistry. Namun, menerjemahkan sinyal GWAS menjadi mekanisme kausal masih menantang, karena sebagian besar varian terkait terletak di daerah non-koding. Analisis pasca-GWAS meliputi fine-mapping, anotasi fungsional, dan randomisasi Mendel untuk menetapkan kausalitas dan mengeksplorasi relevansi clinical biochemistry.
