密码子使用分析：解码翻译偏好
密码子使用分析检查同义密码子的频率，研究翻译效率、基因表达和进化适应。
序列分析中的隐马尔可夫模型
隐马尔可夫模型是用于基因发现、比对和蛋白质家族分类中序列模式建模的概率框架。
K-mer Analysis: Sequence Composition and Frequency
K-mer analysis counts short substrings of length k in sequences for genome characterization, error correction, and metagenomic binning.
基序发现：在序列中寻找调控模式
基序发现识别代表结合位点或功能元件的短保守序列模式。
多序列比对：比较三个及以上序列
多序列比对将成对比对扩展到比较多个同源序列，用于系统发育和功能分析。
PCR 和测序引物设计
引物设计创建具有最佳热力学和特异性的短寡核苷酸，用于 PCR 扩增和测序反应。
启动子分析：识别调控区域
启动子分析识别转录起始位点和控制基因表达的调控元件。
序列比对：生物序列的成对比较
序列比对将 DNA、RNA 或蛋白质序列进行排列，以识别相似区域和进化关系。
序列组装：从片段重建 DNA
序列组装算法将重叠的 DNA 片段合并成连续序列，用于基因组和转录组重建。
