概述

定量蛋白质组学旨在测量不同生物条件下蛋白质丰度的变化。与仅确定蛋白质存在的定性鉴定不同，定量揭示蛋白质组如何响应刺激、疾病或治疗。两个主要策略主导该领域：基于标记的方法将稳定同位素标签引入蛋白质或肽段，以及无标记方法从谱计数或离子强度推断丰度。每种方法在准确性、多重分析能力、成本和实验复杂性之间都有所权衡，使得方法的选择高度依赖于所提出的生物学问题。

方法

稳定同位素标记技术包括 SILAC（细胞培养中的代谢标记）、TMT 和 iTRAQ（同位素标记相对和绝对定量）以及二甲基标记。这些引入定义的质谱位移，质谱仪可以区分，从而在单次运行中对多达 16 个样本进行多重分析。无标记定量使用鉴定谱的数量（谱计数）或每个肽段的提取离子色谱图面积（MS1 强度）。数据非依赖性采集（DIA）方法如 SWATH-MS 将深度蛋白质组覆盖与跨大型样本队列的定量精度相结合。

应用

定量蛋白质组学广泛应用于生物标志物发现，比较健康和患病组织之间的蛋白质水平以识别诊断或预后特征。在药物开发中，它分析靶点参与和脱靶效应。与 ELISA 和 Western blot 验证相结合确保了稳健性。基于质谱的定量方法补充了 SDS-PAGE 等传统凝胶方法，提供更深的覆盖度和更高的通量。