RNA测序（RNA-Seq）是一种利用下一代测序分析细胞或组织样本中完整RNA转录本集合的技术。它提供基因表达的快照，揭示哪些基因活跃以及活跃程度。

RNA-Seq的原理

1. RNA提取

从样本中提取总RNA，使用类似于DNA分离的方法，但增加了额外的步骤来保护脆弱的RNA分子。通过凝胶电泳或生物分析仪检查RNA完整性。

2. mRNA富集或rRNA去除

由于核糖体RNA占总RNA的大部分，需要将其移除以富集信使RNA（mRNA）。这通过使用poly-T磁珠捕获mRNA的poly-A尾，或选择性去除核糖体RNA序列来实现。

3. 文库制备

将富集的mRNA片段化成小片，使用随机引物逆转录为互补DNA（cDNA）。将接头连接到cDNA片段上，通过PCR扩增文库。

4. 测序

cDNA文库在NGS平台上进行测序，产生数百万条短读段。每条读段代表一个cDNA片段一端的短序列。

5. 数据分析

将读段与参考基因组或转录组比对。计数映射到每个基因的读段数以量化表达水平。差异表达分析识别在不同条件下显著上调或下调的基因。

6. 应用

RNA-Seq用于研究发育、疾病、药物治疗和环境反应中的基因表达变化。它还可以检测选择性剪接、新的转录本和非编码RNA。