组织病理学是对病变组织的显微镜检查。在病理学家评估标本之前，组织必须经过一系列制备步骤，以保存结构、硬化样本以便切割，并产生足够薄以透光的切片。最终诊断的质量直接取决于处理和切片的质量。

固定

固定通过交联蛋白质和灭活降解酶来保存组织结构。最常用的固定剂是10%中性缓冲福尔马林（NBF），一种3.7%的甲醛溶液，在氨基之间形成亚甲基桥，稳定蛋白质结构而不引起过度收缩。固定时间取决于组织大小——典型活检需要6-24小时，而较大的标本可能需要24-48小时。固定不足使组织易受自溶影响并产生染色不良的切片；固定过度引起过度交联，掩盖免疫组织化学的抗原。其他固定剂包括戊二醛（用于电子显微镜）、Bouin液（用于内分泌组织）和酒精基固定剂（用于冰冻切片的快速处理）。

处理

固定后，组织必须在切片前用固体支持介质——通常是石蜡——渗透。处理在自动组织处理机中在12-24小时内通过连续阶段进行：

脱水使用梯度乙醇（70%、80%、95%、100%）从组织中去除水分以防止变形。脱水不全会阻止蜡渗透并引起切片伪影。

透明用与酒精和石蜡均可混溶的有机溶剂替代乙醇。二甲苯是最常用的透明剂；它使组织半透明并为其渗透做好准备。

渗透在真空烘箱中用熔化的石蜡替代透明剂，确保完全穿透组织块。真空去除否则会在切片中引起空洞的气泡。

包埋

包埋将渗透的组织定向在石蜡块中以供切片。将组织放入金属模具中，覆盖熔化的蜡，并在冷板上冷却直至凝固。正确的定向至关重要：大多数活检包埋时使最大横截面积朝向切片机刀片。小型或碎片状标本（针吸活检、细胞学细胞块）通常在处理前用擦镜纸包裹或包埋在琼脂中以防止丢失。

切片

切片在旋转切片机上进行，该切片机以精确增量推进石蜡块——常规组织学通常为3-5 µm。切片带漂浮在加热的水浴（40-45°C）上以展平褶皱，然后收集到玻片上。影响切片质量的因素包括刀片状况（一次性刀片定期更换）、块温度（在冰上冷却块可改善脂肪组织的切片）和切割速度（缓慢、均匀的划动产生最佳的切片带）。

mounting 后，切片在热板或烘箱上干燥以确保粘附。随后的染色（最常见的是H&E——苏木精和伊红）揭示核和胞质细节以进行显微镜评估。

常见伪影

刀痕表现为来自切片机刀片缺口的平行划痕线；通过为硬组织使用新鲜的刀片边缘可将其最小化。

压缩发生在块过暖或刀片钝时，导致切片比块面短。冷却块或更换刀片可解决此问题。

振颤（交替的厚薄带）由切片机中的振动或块松动引起——块必须牢固固定在夹头中。

折叠和褶皱由在水浴上 improper 漂浮或过热引起；在水中加入一滴洗涤剂可降低表面张力。

漂浮异物是来自其他病例的组织碎片，污染了水浴——过滤水浴并每日更换可防止交叉污染。

气泡由处理过程中石蜡渗透不完全引起，将空气困在组织中。可能需要在真空下重新处理。

质量控制

每张染色的玻片应检查切片厚度（均匀3-5 µm）、无折叠和撕裂、组织完整 representation 以及正确标记。切片不足必须在病理学家审查病例前重新切片。正确的处理和切片是准确的组织病理学诊断以及下游技术如免疫组织化学、原位杂交和数字病理学的前提。