Embedding adalah langkah yang menyajikan jaringan yang telah diproses dalam orientasi yang benar untuk pemotongan. Biobanking memastikan bahwa jaringan surplus, blok, dan kaca objek diawetkan dalam kondisi yang mempertahankan nilai diagnostik dan penelitiannya selama beberapa dekade.
Proses Embedding
Embedding mengubah jaringan yang telah diinfiltrasi menjadi blok parafin padat yang dapat dijepit di chuck mikrotom. Proses ini menggunakan pusat embedding — platform yang dipanaskan (60-65°C) dengan dispenser untuk parafin cair, pelat dingin (-5 hingga -10°C) untuk solidifikasi cepat, dan forceps yang dipanaskan pada suhu yang sama dengan parafin.
Langkah: cetakan logam (base mold) dengan ukuran yang sesuai diisi dengan parafin cair. Irisan jaringan dipindahkan dari kaset ke dalam parafin menggunakan forceps yang dihangatkan. Jaringan diorientasikan sehingga permukaan yang akan dipotong menghadap ke bawah (bagian bawah cetakan menjadi permukaan potong). Kaset jaringan yang telah diberi label ditempatkan di atas cetakan, dan parafin tambahan diberikan untuk mengisi kaset. Cetakan ditempatkan di pelat dingin; solidifikasi dimulai dalam 2-3 menit. Setelah pengerasan lengkap (5-10 menit), blok dilepaskan dari cetakan.
Orientasi menurut Tipe Jaringan
Orientasi yang benar memaksimalkan informasi diagnostik. Eksisi kulit — di-embed pada tepi untuk menunjukkan epidermis, dermis, dan jaringan subkutan dalam satu irisan. Biopsi gastrointestinal — di-embed pada tepi untuk menunjukkan ketebalan mukosa penuh dari epitel permukaan hingga muskularis mukosa. Biopsi jarum inti — di-embed sejajar dengan permukaan potong, beberapa inti sejajar dalam bidang yang sama. Biopsi kecil terfragmentasi — dibungkus dalam kertas lensa atau di-embed dalam agar sebelum pemrosesan untuk mencegah kehilangan fragmen kecil.
Evaluasi margin memerlukan embedding en face (tegak lurus) dari irisan margin sehingga permukaan yang ditinta dipotong di permukaan potong. Kelenjar getah bening — dibelah dua jika >5 mm; di-embed dengan permukaan potong ke bawah untuk memaksimalkan parenkim kelenjar dalam irisan.
Penyimpanan Blok Parafin
Blok parafin adalah bahan arsip utama dalam histopatologi. Mereka menyimpan tanpa batas pada suhu kamar — parafin inert secara kimia dan blok tetap dapat dipotong selama beberapa dekade. Kondisi penyimpanan: sejuk (15-25°C), kering (hindari kelembaban yang mendukung jamur), dan gelap (cahaya mendegradasi beberapa antigen). Blok disimpan dalam sistem pengarsipan berlabel — secara numerik berdasarkan nomor aksesi — dalam lemari tahan api. Periode retensi untuk blok parafin bervariasi menurut yurisdiksi: biasanya 10-20 tahun untuk blok diagnostik; blok dari file pengajaran dan penelitian dapat disimpan tanpa batas.
Konstruksi Microarray Jaringan
Microarray jaringan (TMA) memungkinkan analisis simultan ratusan sampel jaringan pada satu kaca objek. Arrayer TMA mengambil inti 0,6-2,0 mm dari blok parafin donor (wilayah yang diminati yang dipilih — misalnya, pusat tumor, margin invasif) dan menanamkannya kembali dalam blok penerima dalam pola grid. Irisan dari TMA dapat diwarnai dengan H&E, IHC, atau hibridisasi in situ untuk analisis throughput tinggi. TMA banyak digunakan untuk validasi biomarker, optimalisasi IHC, dan penelitian.
Biobanking Jaringan Beku
Jaringan beku adalah standar emas untuk analisis molekuler karena pembekuan mempertahankan RNA, DNA, dan protein tanpa degradasi yang disebabkan oleh fiksasi formalin. Protokol: jaringan segar (dikumpulkan dalam 20-30 menit setelah pengangkatan) dipotong menjadi potongan 5-10 mm, ditempatkan dalam cryovial, dan dibekukan cepat dalam nitrogen cair atau isopentana yang didinginkan di atas es kering. Jaringan beku disimpan pada -80°C atau dalam fase uap nitrogen cair (-150°C). Optimal Cutting Temperature (OCT) compound digunakan untuk embedding jaringan beku untuk pemotongan kriostat.
Indikator mutu untuk biobanking beku meliputi: waktu iskemia dingin (menit), siklus beku-cair (minimalkan), suhu penyimpanan, dan nomor integritas RNA (RIN >7 untuk sebagian besar aplikasi molekuler). Kontrol H&E — setiap blok beku harus memiliki irisan yang diwarnai H&E untuk memverifikasi konten dan kualitas jaringan.
Jaringan Tetap Formalin dan Embedded Parafin (FFPE) untuk Penelitian
Jaringan FFPE adalah sumber daya paling melimpah untuk penelitian retrospektif karena blok diagnostik tersedia secara universal. Asam nukleat yang diekstraksi dari jaringan FFPE terfragmentasi dan termodifikasi secara kimia (deaminasi, ikatan-silang) tetapi cukup untuk PCR, sekuensing tertarget, dan IHC. DNA dari FFPE memadai untuk sebagian besar uji molekuler hingga amplikon 300 pasang basa. RNA dari FFPE lebih terdegradasi — cocok untuk analisis ekspresi gen tertarget tetapi tidak untuk studi seluruh transkriptom tanpa protokol khusus.
Pertimbangan Etis dan Regulasi
Biobanking memerlukan persetujuan informed untuk penggunaan penelitian jaringan surplus. Banyak institusi beroperasi di bawah model persetujuan luas di mana pasien menyetujui penelitian masa depan yang tidak ditentukan. Anonimisasi menghilangkan pengidentifikasi langsung; de-identifikasi menggantikan pengidentifikasi dengan kode. Penggunaan penelitian jaringan diagnostik tanpa persetujuan memerlukan persetujuan komite etik. Regulasi (HIPAA di AS, GDPR di Eropa, Human Tissue Act di Inggris) mengatur penyimpanan, transfer, dan penggunaan penelitian jaringan. Program jaminan mutu laboratorium mencakup audit rutin penyimpanan blok, akurasi pelabelan, dan waktu pengambilan.
