Gambaran Umum

Proteomika kuantitatif bertujuan untuk mengukur perubahan kelimpahan protein di berbagai kondisi biologis. Tidak seperti identifikasi kualitatif, yang hanya menetapkan keberadaan protein, kuantifikasi mengungkap bagaimana proteom merespons rangsangan, penyakit, atau pengobatan. Dua strategi luas mendominasi bidang ini: metode berbasis label yang memperkenalkan tag isotop stabil ke dalam protein atau peptida, dan metode bebas label yang menyimpulkan kelimpahan dari hitungan spektral atau intensitas ion. Setiap pendekatan membawa pertukaran antara akurasi, kapasitas multipleks, biaya, dan kompleksitas eksperimental, membuat pilihan metode sangat bergantung pada pertanyaan biologis yang diajukan.

Metode

Teknik pelabelan isotop stabil meliputi SILAC (pelabelan metabolik dalam kultur sel), TMT dan iTRAQ (tag isobarik untuk kuantifikasi relatif dan absolut), dan pelabelan dimetil. Ini memperkenalkan pergeseran massa yang ditentukan yang dapat dibedakan oleh spektrometer massa, memungkinkan analisis multipleks hingga 16 sampel dalam satu kali lari. Kuantifikasi bebas label menggunakan jumlah spektrum yang diidentifikasi (penghitungan spektral) atau area kromatogram ion yang diekstraksi dari setiap peptida (intensitas MS1). Akuisisi independen data (DIA) seperti SWATH-MS menggabungkan liputan proteom dalam dengan presisi kuantitatif di seluruh kohort sampel besar.

Aplikasi

Proteomika kuantitatif banyak diterapkan dalam penemuan biomarker, membandingkan tingkat protein antara jaringan sehat dan sakit untuk mengidentifikasi tanda tangan diagnostik atau prognostik. Dalam pengembangan obat, ini memprofilkan engagement target dan efek di luar target. Integrasi data kuantitatif dengan validasi ELISA dan Western blot memastikan ketangguhan. Metode seperti kuantifikasi berbasis mass spectrometry melengkapi pendekatan gel tradisional seperti SDS-PAGE, memberikan liputan yang lebih dalam dan throughput yang lebih tinggi.