Analyse de l'usage des codons : décoder les préférences de traduction
L'analyse de l'usage des codons examine la fréquence des codons synonymes pour étudier l'efficacité de la traduction, l'expression génique et l'adaptation évolutive.
Modèles de Markov cachés dans l'analyse de séquences
Les modèles de Markov cachés sont des cadres probabilistes pour modéliser les motifs de séquence dans la recherche de gènes, l'alignement et la classification des familles de protéines.
Analyse des k-mers : composition et fréquence des séquences
L'analyse des k-mers compte les sous-chaînes courtes de longueur k dans les séquences pour la caractérisation des génomes, la correction d'erreurs et le regroupement métagénomique.
Découverte de motifs : trouver des motifs régulateurs dans les séquences
La découverte de motifs identifie des motifs de séquence courts et conservés qui représentent des sites de liaison ou des éléments fonctionnels.
Alignement de séquences multiples : comparer trois séquences ou plus
L'alignement de séquences multiples étend l'alignement par paires pour comparer plusieurs séquences homologues en vue d'analyses phylogénétiques et fonctionnelles.
Primer Design for PCR and Sequencing
Primer design creates short oligonucleotides with optimal thermodynamics and specificity for PCR amplification and sequencing reactions.
Promoter Analysis: Identifying Regulatory Regions
Promoter analysis identifies transcription start sites and regulatory elements that control gene expression.
Sequence Alignment: Pairwise Comparison of Biological Sequences
Sequence alignment arranges DNA, RNA, or protein sequences to identify regions of similarity and evolutionary relationships.
Sequence Assembly: Reconstructing DNA from Fragments
Sequence assembly algorithms merge overlapping DNA fragments into contiguous sequences for genome and transcriptome reconstruction.
