淀粉样蛋白、内源性色素和矿物沉积物的组织化学染色可在组织切片中识别这些物质，用于特异性诊断。
碳水化合物和粘蛋白染色检测组织切片中的糖原、糖蛋白、蛋白聚糖和粘蛋白，用于诊断性组织化学。
结缔组织染色差异性地为胶原、弹性纤维、肌肉和纤维蛋白着色，以评估纤维化、血管疾病和组织损伤。
苏木精和伊红是标准组织染色；其化学原理和配方决定核细节和胞质对比度。
微生物的组织化学染色可在福尔马林固定的组织切片中显示细菌、真菌、分枝杆菌和寄生虫。
自动组织处理机通过程序化的试剂更换周期对固定组织进行脱水、透明和石蜡渗透。
脱钙从矿化组织中去除钙以便切片，使用酸或螯合剂，必须保存形态和抗原性。
包埋将组织定向在石蜡块中以便切片，而生物库确保剩余组织、块和玻片在保持诊断和研究价值的条件下保存数十年。
固定通过稳定蛋白质和防止自溶来保存组织形态，固定剂的选择决定了下游染色的成功。
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