包埋是将处理过的组织以正确的定向呈现以便切片的步骤。生物库确保剩余组织、块和玻片在保持其诊断和研究价值的条件下保存数十年。

包埋过程

包埋将渗透的组织转化为可夹在切片机夹头中的固体石蜡块。该过程使用包埋中心——加热平台（60-65°C），带有熔化石蜡分配器、用于快速凝固的冷板（-5至-10°C）以及与石蜡相同温度加热的镊子。

步骤：将适当尺寸的金属模具（底座模具）填充熔化石蜡。使用加热的镊子将组织切片从包埋盒转移到石蜡中。组织定向使要切片的面朝下（模具底部成为切割面）。将标记的组织包埋盒放在模具顶部，并分配额外的石蜡填充包埋盒。将模具放在冷板上；凝固在2-3分钟内开始。完全硬化后（5-10分钟），将块从模具中取出。

按组织类型的定向

正确的定向可最大化诊断信息。皮肤切除——立埋以显示出表皮、真皮和皮下组织的单一切片。胃肠道活检——立埋以显示从表面上皮到粘膜肌层的全层粘膜厚度。空心针活检——平行于切割面包埋，多个核心在同一平面中平行对齐。小型碎片化活检——在处理前用擦镜纸包裹或预包埋在琼脂中，以防止小碎片丢失。

切缘评估需要将切缘切片进行正面（垂直）包埋，使墨染表面在切割面被切片。淋巴结——如果>5 mm则对半切开；切面向下包埋以在切片中最大化淋巴结实质。

石蜡块储存

石蜡块是组织病理学中的主要存档材料。它们在室温下无限期储存——石蜡化学惰性，块在数十年后仍可切片。储存条件：凉爽（15-25°C）、干燥（避免支持霉菌的湿度）和避光（光照降解某些抗原）。块以登记号的数字顺序储存在防火柜中的标记归档系统中。石蜡块的保留期限因司法管辖区而异：诊断块通常为10-20年；教学档案和研究的块可无限期保留。

组织微阵列构建

组织微阵列（TMA）允许在单张玻片上同时分析数百个组织样本。TMA阵列仪从供体石蜡块（选定的感兴趣区域——如肿瘤中心、浸润边缘）中取出0.6-2.0 mm的核心，并以网格图案重新包埋在受体块中。TMA切片可用H&E、IHC或原位杂交染色进行高通量分析。TMA广泛用于生物标志物验证、IHC优化和研究。

冷冻组织生物库

冷冻组织是分子分析的金标准，因为冷冻保存RNA、DNA和蛋白质，避免了福尔马林固定引起的降解。方案：新鲜组织（切除后20-30分钟内收集）切成5-10 mm块，放入冷冻管中，在液氮或干冰冷却的异戊烷中速冻。冷冻组织在-80°C或液氮气相（-150°C）中储存。最佳切割温度（OCT）化合物用于包埋冷冻组织以进行低温切片。

冷冻生物库的质量指标包括：冷缺血时间（分钟）、冻融循环（最小化）、储存温度和RNA完整性数（大多数分子应用RIN >7）。H&E对照——每个冷冻块应有一张H&E染色切片以验证组织内容和质量。

研究用福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织

FFPE组织是最丰富的回顾性研究资源，因为诊断块普遍可用。从FFPE组织中提取的核酸被片段化和化学修饰（脱氨基、交联），但足以用于PCR、靶向测序和IHC。来自FFPE的DNA适用于大多数分子检测，可达300碱基对扩增子。来自FFPE的RNA更degraded——适用于靶向基因表达分析，但未经专门方案不适用于全转录组研究。

伦理与监管考虑

生物库需要剩余组织研究使用的知情同意。许多机构采用广泛同意模式，患者同意未来的非特定研究。匿名化去除直接标识符；去标识化用代码替换标识符。未经同意将诊断组织用于研究需要伦理委员会批准。法规（美国的HIPAA、欧洲的GDPR、英国的人体组织法案） governing 组织储存、转让和研究使用。实验室质量保证项目包括定期审核块储存、标签准确性和检索时间。