宿主-病原体相互作用涵盖病原体感染宿主和宿主防御感染的分子机制，决定了感染性疾病的结果。
高级抗菌药敏试验方法使用自动化系统和分子技术检测耐药机制并确定最低抑菌浓度。
生物膜是包裹在自产细胞外基质中的结构化微生物群落，表现出显著的抗生素耐受性，并在医疗器械和组织上引起慢性感染。
寄生虫感染通过粪便、血液和组织标本的显微镜检查、抗原检测、血清学以及PCR和多联检等分子方法进行诊断。
曲霉和皮肤癣菌等丝状真菌引起从浅表皮肤感染到免疫低下宿主侵袭性肺曲霉病的一系列疾病。
临床重要的酵母菌包括念珠菌和隐球菌，在免疫低下患者中引起从浅表粘膜疾病到危及生命的全身性真菌感染的各类疾病。
体外寄生虫包括虱、疥螨和蜱，侵染人类和动物的体表，引起皮炎、继发感染和媒介传播疾病。
蠕虫是寄生性蠕虫，分为线虫、吸虫和绦虫三类，各自具有不同的生命周期、发病机制和诊断特征。
由蓝氏贾第鞭毛虫、微小隐孢子虫和溶组织内阿米巴引起的肠道原虫感染是全球腹泻疾病的重要原因，通过显微镜检查和免疫检测进行诊断。
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