肠道原虫是感染胃肠道的单细胞真核寄生虫，在世界范围内引起显著的发病。最重要的物种是蓝氏贾第鞭毛虫、微小隐孢子虫和溶组织内阿米巴，每种具有不同的生物学特性、流行病学和临床表现。

蓝氏贾第鞭毛虫（贾第虫病）

蓝氏贾第鞭毛虫是一种定殖于小肠的鞭毛原虫。寄生虫存在两种形态：滋养体呈梨形，有两个核和四对鞭毛；包囊是感染性和环境抗性形态。传播通过粪-口途径，常经污染的水或食物发生。

摄入后，在十二指肠中脱囊释放出滋养体，通过腹吸盘附着于肠上皮。附着导致肠上皮细胞损伤、微绒毛萎缩和吸收不良。症状包括腹泻、腹部绞痛、腹胀、脂肪泻和体重减轻。许多感染是自限性的，但慢性病例可导致儿童生长迟缓和持续性胃肠症状。

实验室诊断依靠粪便标本中包囊和滋养体的显微镜鉴定。使用直接湿涂片、碘染色制备和永久染色如三色或铁苏木精染色。通过ELISA或免疫荧光的抗原检测提供更高的灵敏度。包括PCR在内的分子方法可检测贾第虫DNA，用于确证试验和基因分型。

治疗使用甲硝唑、替硝唑或硝唑尼特。

微小隐孢子虫（隐孢子虫病）

微小隐孢子虫是一种感染小肠上皮细胞的顶复门寄生虫。卵囊阶段对氯具有高度抗性，可在氯化消毒水中存活，因此是水传播暴发的常见原因。人隐孢子虫主要感染人类，而微小隐孢子虫是人畜共患的，由牛和其他动物传播。

生命周期在单个宿主体内包括有性和无性阶段。从摄入的卵囊释放的子孢子侵入肠上皮细胞，在其中进行裂体增殖、配子生殖和孢子生殖。通过薄壁卵囊发生自身感染，使免疫受损宿主中的感染持续存在。

在免疫功能正常个体中，隐孢子虫病引起自限性水样腹泻，在1–2周内消退。在免疫受损患者中，特别是HIV/AIDS患者或移植受者，感染可变为慢性、严重且危及生命，胆道受累可导致胆管炎。

诊断通过对粪便标本进行改良抗酸染色，显示直径4–6 µm的粉红色卵囊。广泛使用ELISA或免疫荧光的抗原检测。PCR提供虫种鉴定且比显微镜检查更敏感。隐孢子虫通常包含在多重胃肠道PCR检测面板中。

硝唑尼特是唯一FDA批准的治疗药物，但在免疫受损患者中疗效有限。免疫重建对于管理HIV患者的隐孢子虫病至关重要。

溶组织内阿米巴（阿米巴病）

溶组织内阿米巴是一种引起肠道和肠外阿米巴病的阿米巴原虫。它以侵袭性滋养体和感染性包囊的形式存在。包囊形式耐胃酸和环境条件。通过摄入污染食物或水中的包囊发生传播。

在结肠中，滋养体可侵入肠黏膜，引起烧瓶状溃疡和阿米巴结肠炎。症状范围从轻度腹泻到带血和黏液的严重痢疾。肠外感染最常累及肝脏，导致阿米巴肝脓肿，表现为右上腹痛、发热和白细胞增多。

区分溶组织内阿米巴与非致病性共生性迪斯帕内阿米巴至关重要。显微镜检查无法可靠区分它们。需要针对溶组织内阿米巴特异性的ELISA抗原检测、PCR或同工酶分析。侵袭性阿米巴病用替硝唑或甲硝唑治疗，随后使用巴龙霉素等肠腔活性药物以消除包囊。