当 H&E 中怀疑有传染源但无法明确识别时，特殊的组织化学染色会突出显示组织切片中的微生物。尽管越来越多地使用 IHC 和分子诊断，这些染色剂仍然是必不可少的 ， 它们快速、廉价，并提供形态学背景。

组织革兰氏染色

组织革兰氏染色（Brown-Hopps 或 Brown-Brenn 修饰）可区分石蜡切片中的革兰氏阳性（蓝紫色）和革兰氏阴性（红粉色）细菌。与微生物学中使用的细菌革兰氏染色技术 使用新鲜培养物不同，组织革兰氏染色适用于固定的、经过处理的组织。结晶紫对革兰氏阳性细胞壁进行染色；番红或碱性品红可对革兰氏阴性细菌、细胞核和背景进行复染。组织革兰氏染色可用于识别细菌形态（球菌、杆状细胞）和组织反应模式，化脓性炎症提示化脓性细菌；肉芽肿性炎症提示分枝杆菌或真菌。

Ziehl-Neelsen 抗酸杆菌

Ziehl-Neelsen (ZN) 通过利用富含分枝杆菌酸的蜡质细胞壁对分枝杆菌（结核分枝杆菌、麻风分枝杆菌、非结核分枝杆菌）进行染色，该细胞壁在酸-醇脱色后保留了卡福金染料。抗酸杆菌在亚甲蓝或亮绿色复染剂的映衬下呈现鲜红色。 **与培养或 PCR 相比，组织中的 ZN 敏感性大约为 40-60% ， ZN 阴性并不能排除分枝杆菌感染。 Modified ZN (Fite-Faraco) 对麻风分枝杆菌和诺卡氏菌使用较温和的酸-醇脱色剂，它们的抗酸能力比结核分枝杆菌低。

Grocott 六胺银 (GMS)

GMS 是检测组织中真菌最灵敏的染色剂。铬酸将真菌细胞壁多糖氧化为醛类；乌洛托品银溶液在醛位点将银离子还原为金属银，在真菌细胞壁上沉积黑银。背景用浅绿色复染。

GMS 几乎可检测所有临床相关真菌：念珠菌（酵母和假菌丝）、曲霉菌（有隔膜菌丝分支 45°）、毛霉（宽阔、无隔膜菌丝分支 90°）、隐球菌（包膜酵母、窄基出芽）、组织胞浆菌（小型细胞内酵母）、 芽生菌（广泛的芽殖酵母）、球孢子菌（含有内生孢子的小球）和耶氏肺囊虫（具有特征性点状形态的囊肿）。 GMS 还可对弹性蛋白进行染色，可作为内部阳性对照。

用于真菌的高碘酸希夫 (PAS)

PAS 将真菌细胞壁染色为洋红色，与 GMS 互补。它比 GMS 更具体（碎片造成的误报更少），但灵敏度稍低。许多实验室对每个真菌病例同时使用 GMS 和 PAS，以最大限度地提高检测效果。 [PAS with diastase](/guides/carboenchant-and-mucin-histochemistry.html) 可去除可能与真菌混淆的糖原。

Warthin-螺旋体星光

Warthin-Starry 银浸渍将螺旋体染成黑色，背景为浅黄棕色。该技术使用对苯二酚还原的硝酸银溶液将金属银沉积在微生物上。 Warthin-Starry 用于检测梅毒螺旋体（梅毒 ， 显示皮肤、淋巴结和胎盘中的螺旋生物）、伯氏疏螺旋体（莱姆病）、幽门螺杆菌（胃炎）和汉塞巴尔通体（猫抓病、杆菌性血管瘤）。该染色技术要求高，需要精确的温度和pH值控制。

Giemsa 用于细胞内微生物

吉姆萨染色用于胃活检中的幽门螺杆菌（粘膜表面的螺旋杆）、衣原体（结膜、宫颈或呼吸道标本中的胞浆内包涵体）、巴贝虫和疟原虫（红细胞内寄生虫）和利什曼原虫（巨噬细胞中的无鞭毛体）。吉姆萨将细胞核染色为紫蓝色，将细胞质染色为粉红色；微生物表现为独特的嗜碱性结构。

比较和算法

疑似感染的诊断染色算法从所有病例的革兰氏染色和 GMS 开始。如果看到革兰氏阳性杆菌，则添加 ZN 以检测诺卡氏菌和分枝杆菌。如果存在肉芽肿性炎症且没有可见生物，则添加 ZN 和 GMS。如果怀疑有螺旋体，请添加 Warthin-Starry。如果存在病毒包涵体，特定病毒（CMV、EBV、HSV、HHV8、腺病毒）的 IHC 可提供明确的鉴定。所有特殊染色都需要同时进行阳性对照，并且结果必须与培养、血清学和分子检测相关以进行明确诊断。