Die Gewebe-Gramfärbung (Brown-Hopps) unterscheidet Gram-positive (blau) von Gram-negative (rot) Bakterien. Ziehl-Neelsen färbt säurefeste Stäbchen rot. GMS (Grocott-Methenamin-Silber) ist die empfindlichste Färbung für Pilze. PAS färbt Pilzzellwände magenta. Warthin-Starry färbt Spirochäten schwarz. Giemsa wird für intrazelluläre Mikroorganismen verwendet. Ein diagnostischer Algorithmus beginnt mit Gram und GMS; bei granulomatöser Entzündung ZN und GMS hinzufügen.