Spektrometri massa tandem (MS/MS) melibatkan dua atau lebih tahap analisis massa, memungkinkan pemilihan ion prekursor dan analisis ion fragmennya. Ini memberikan informasi struktural yang rinci dan memungkinkan kuantifikasi yang sangat spesifik dalam matriks kompleks.

Eksperimen MS/MS mengikuti urutan seleksi ion prekursor, fragmentasi, dan analisis massa ion fragmen. Ion prekursor dengan nilai m/z yang dipilih diisolasi dalam penganalisis massa pertama. Fragmentasi diinduksi oleh disosiasi akibat tumbukan dengan molekul gas inert, penangkapan/transfer elektron, atau aktivasi foton. Ion fragmen yang dihasilkan dianalisis dalam penganalisis massa kedua.

Instrumen tandem-dalam-ruang memisahkan tahap analisis massa di wilayah fisik yang berbeda. Instrumen triple quadrupole (QqQ) menggunakan dua filter massa kuadrupol yang dipisahkan oleh sel tumbukan dan merupakan andalan LC-MS/MS kuantitatif. Instrumen quadrupole time-of-flight (Q-TOF) menggabungkan kuadrupol untuk seleksi prekursor dengan penganalisis TOF resolusi tinggi. Instrumen tandem-dalam-waktu melakukan beberapa tahap di ruang fisik yang sama, seperti pada instrumen perangkap ion.

Mode pindai umum meliputi pemindaian ion produk, di mana prekursor tetap dan fragen dipindai; pemindaian ion prekursor, di mana fragmen tetap dan prekursor dipindai; dan pemindaian kehilangan netral, di mana kedua penganalisis memindai dengan offset massa tetap. Pemantauan reaksi berganda (MRM) menetapkan prekursor dan fragmen untuk sensitivitas dan spesifisitas maksimum dalam kuantifikasi.

MS/MS sangat penting untuk proteomik, metabolomik, toksikologi forensik, diagnostik klinis, dan analisis lingkungan. Kemampuannya untuk menyelesaikan senyawa isobarik dan memberikan konfirmasi struktural menjadikannya standar emas untuk bioanalisis kuantitatif.