Aspergillus oryzae, yang dikenal sebagai jamur koji, adalah jamur terpenting dalam fermentasi makanan di Asia Timur. Ini digunakan untuk memproduksi koji, kultur starter untuk kecap, miso, sake, dan mirin. A. oryzae ditanam pada nasi kukus, jelai, atau kedelai, yang mengeluarkan enzim hidrolitik yang kuat termasuk alfa-amilase, glukoamilase, protease (asam dan basa), dan lipase. Enzim-enzim ini memecah pati menjadi gula dan protein yang dapat difermentasi menjadi asam amino dan peptida, yang kemudian digunakan oleh ragi dan BAL pada tahap fermentasi berikutnya. A. oryzae umumnya dianggap aman meskipun memiliki hubungan genetik yang dekat dengan A. flavus aflatoksigenik.
Tempe merupakan produk fermentasi kedelai yang berasal dari Indonesia, dihasilkan melalui fermentasi solid state dengan bakteri Rhizopus microsporus var. oligosporus (sebelumnya R. oligosporus). Jamur ini tumbuh sebagai lapisan miselium padat yang mengikat kedelai matang menjadi kue padat. Selama fermentasi, Rhizopus menghasilkan lipase yang menghidrolisis lipid kedelai menjadi asam lemak bebas, bersama dengan fitase yang mengurangi kandungan asam fitat, sehingga meningkatkan bioavailabilitas mineral. Miselium juga menghasilkan rasa pedas yang ringan dan tekstur yang keras dan dapat diiris. Tempe merupakan sumber protein lengkap dan sumber vitamin B12 yang signifikan apabila fermentasinya dilakukan oleh bakteri tertentu selain jamur.
Penicillium roqueforti digunakan dalam produksi keju berurat biru seperti Roquefort, Gorgonzola, Stilton, dan Danish Blue. Jamur ditambahkan ke susu atau dadih dan tumbuh di seluruh matriks keju selama pemasakan. Jarum atau kabel dimasukkan untuk membuat saluran oksigen, memungkinkan aerobik obligat P. roqueforti untuk bersporulasi dan mengembangkan karakteristik warna biru-hijau. Jamur menghasilkan lipase yang melepaskan asam lemak bebas dan metil keton (terutama 2-heptanon), yang berkontribusi terhadap rasa pedas. P. camemberti, digunakan untuk Camembert dan Brie, menghasilkan pertumbuhan permukaan putih seperti beludru dan mengeluarkan protease yang melunakkan tekstur keju dari luar ke dalam.
Pertimbangan keamanan dalam fermentasi jamur berpusat pada produksi mikotoksin. Meskipun spesies yang digunakan dalam fermentasi makanan umumnya dianggap aman, pemilihan strain yang hati-hati dan pengendalian kualitas sangat penting untuk mencegah kontaminasi oleh strain toksigenik. Strain A. oryzae non-toksigenik yang digunakan dalam produksi koji tidak memiliki gen untuk biosintesis aflatoksin. Demikian pula, P. roqueforti menghasilkan mikotoksin roquefortine C dan toksin PR, tetapi racun ini terdapat dalam konsentrasi yang sangat rendah dalam keju dan sebagian besar terdegradasi selama pemasakan. Program pemantauan mikotoksin pada bahan mentah dan produk jadi merupakan praktik standar dalam industri fermentasi jamur. Produk fermentasi jamur sering kali melibatkan serangkaian bakteri asam laktat yang diikuti dengan pertumbuhan jamur. Fermentasi ragi mungkin mendahului pertumbuhan jamur pada beberapa proses. Produksi mikotoksin oleh jamur tertentu memerlukan pemantauan yang cermat melalui analisis mikotoksin.
