Daging segar yang disimpan secara aerobik pada suhu pendingin mengembangkan karakteristik mikrobiota pembusukan yang didominasi oleh spesies Pseudomonas (P. fragi, P. fluorescens, P. lundensis). Organisme ini memetabolisme glukosa, laktat, dan asam amino, menghasilkan senyawa yang mudah menguap termasuk etil ester (bau buah), senyawa sulfur (H₂S, dimetil sulfida), dan amonia. Setelah glukosa habis, Pseudomonas mulai memetabolisme asam amino, menyebabkan produksi putresin, kadaverin, dan amina biogenik lainnya yang terkait dengan pembusukan. Brochothrix thermosphacta juga tumbuh dalam kondisi aerobik, menghasilkan asetoin dan diacetyl yang menghasilkan bau asam seperti susu.
Di bawah kemasan vakum, penipisan oksigen menyeleksi bakteri anaerob fakultatif dan obligat. Bakteri asam laktat (Lactobacillus sakei, Lactobacillus curvatus, Leuconostoc) mendominasi dan menghasilkan asam laktat sehingga menimbulkan bau asam dan asam. Brochothrix thermosphacta juga tumbuh dengan baik di bawah vakum, terutama jika terdapat sisa oksigen. Enterobacteriaceae (termasuk Hafnia alvei dan Serratia liquefaciens) dapat tumbuh dalam daging yang dikemas secara vakum, terutama pada suhu yang salah, menghasilkan putresin, kadaverin, dan H₂S yang menyebabkan bau sulfida dan busuk. Perubahan warna pada daging merah disebabkan oleh oksidasi mioglobin: oksimyoglobin (merah terang) berubah menjadi metmioglobin (coklat) karena oksigen habis.
Pembusukan makanan laut terjadi secara berbeda karena adanya trimetilamina N-oksida (TMAO), suatu osmolit yang ditemukan pada ikan laut. Bakteri Gram-negatif psikotoleransi, khususnya Shewanella putrefaciens dan Photobacterium fosforeum, mereduksi TMAO menjadi trimetilamina (TMA), yang bertanggung jawab atas karakteristik bau “amis”. Pseudomonas juga berkontribusi terhadap pembusukan makanan laut, menghasilkan sulfida yang mudah menguap dan hipoksantin dari degradasi ATP. Keracunan ikan histamin (keracunan scombroid) terjadi akibat dekarboksilasi histidin menjadi histamin oleh spesies Morganella morganii, Proteus, dan Hafnia pada ikan yang disimpan pada suhu di atas 4-5°C.
Amina biogenik (histamin, putresin, kadaverin, tyramine, spermine, spermidine) berfungsi sebagai indikator pembusukan pada daging dan makanan laut. Mereka diproduksi oleh dekarboksilasi asam amino oleh bakteri dan akumulasinya berkorelasi kuat dengan pertumbuhan mikroba dan penolakan sensorik. Metode HPLC dan LC-MS/MS digunakan untuk penentuan kuantitatif amina biogenik. Pengendalian pembusukan pada makanan otot bergantung pada pendinginan cepat, kontrol suhu yang ketat di seluruh rantai dingin, penyembelihan dan pemrosesan yang higienis, dan teknologi pengemasan termasuk pengemasan vakum dan pengemasan atmosfer yang dimodifikasi (CO₂ tinggi, O₂ rendah) untuk menghambat pertumbuhan organisme pembusuk aerobik. Pembusukan daging melibatkan organisme psikrotrofik yang menghasilkan bau tak sedap dan lendir. Amina biogenik seperti histamin merupakan bahaya keamanan dalam makanan laut. Kemasan atmosfer yang dimodifikasi memperpanjang umur simpan dengan menghambat bakteri pembusuk aerobik.
