革兰染色根据细胞壁结构区分细菌，但许多细菌特征需要专门的染色方法才能进行显微镜观察。

内孢子染色

细菌内孢子是休眠的、高度抗性的结构，普通染色或革兰染色不着色。Schaeffer–Fulton 方法使用孔雀石绿，通过热驱动进入孢子，并用藏红作为复染剂。

1. 用 5%（w/v）孔雀石绿覆盖涂片并蒸汽加热 5 分钟。
2. 冷却并用水冲洗。
3. 用 0.5% 藏红复染 30 秒。
4. 冲洗、吸干并检查。

孢子呈绿色，营养细胞呈粉红/红色。孢子的位置是关键的鉴定特征。

荚膜染色

荚膜是围绕某些细菌的多糖或多肽层，保护它们免受吞噬和干燥。荚膜水溶性，热固定易被破坏。

Anthony 法：涂片风干，用 1% 结晶紫染色 2 分钟，然后用 20% 硫酸铜洗涤。硫酸铜充当脱色剂和媒染剂。荚膜在深紫色细胞周围呈现淡紫色晕圈。

印度墨汁负染色：将细菌悬液与印度墨汁混合，薄涂并风干。墨汁颗粒无法穿透荚膜，在深色背景中细胞周围留下清晰晕圈。

鞭毛染色

细菌鞭毛厚度为 10–20 nm，低于光学显微镜的分辨率。鞭毛染色使用媒染剂包裹和增厚鞭毛，然后进行银染或副品红染色。

1. 使用在固体培养基上生长的幼龄培养物。
2. 制备薄的风干涂片——不要热固定。
3. 施加媒染剂并孵育。
4. 鞭毛呈现为从细胞体延伸的细波纹状丝线。

鞭毛排列是重要的分类学特征。

抗酸染色

分枝杆菌具有富含分枝菌酸的蜡质细胞壁，能抵抗标准革兰染色。Ziehl–Neelsen 方法使用热将石炭酸品红驱动通过蜡质屏障：

1. 用石炭酸品红覆盖涂片并蒸汽加热 5 分钟。
2. 用 3% HCl 的 95% 乙醇脱色——非抗酸细菌失去染色。
3. 用亚甲蓝复染 1 分钟。

抗酸细菌在蓝色背景上呈现亮红色。Kinyoun 方法在石炭酸品红中使用更高浓度的苯酚和去垢剂，无需加热。金胺-罗丹明染色使用荧光染料提高筛查结核病的灵敏度。