酶在烘焙和酿造中发挥着重要作用，无论是作为原材料的天然成分还是作为添加的加工助剂。在烘焙中，酶可以改善面团的处理性能，增强面包体积和面包屑结构，延长保质期，并能够替代化学添加剂。在酿造过程中，酶可促进麦芽浆转化、提高发酵效率、增强啤酒澄清度并有助于风味稳定性。随着制造商寻求减少对化学添加剂的依赖并提高工艺效率，酶在这两个行业的使用大幅增长。

在烘焙中，来自真菌的 α-淀粉酶是使用最广泛的酶。它们将小麦面粉中受损的淀粉颗粒水解成糊精，为酵母提供可发酵糖，并改善面包体积、外皮颜色和保质期。木聚糖酶（半纤维素酶）分解小麦胚乳细胞壁中的阿拉伯木聚糖，增加面团的延展性，改善烤箱弹性，并增强面包屑结构。脂肪酶通过改变极性脂质、原位产生乳化化合物并有助于面包屑柔软来改善面团稳定性和面包体积。葡萄糖氧化酶通过产生过氧化氢来交联面筋蛋白，增强面团的高速加工能力并提高面包体积。

烘焙中的蛋白酶根据产品有选择地使用。在面包和面包卷的生产中，有限的蛋白水解会削弱面筋，从而提高面团的延展性并减少混合时间。在薄脆饼干和饼干的生产中，需要更广泛的蛋白水解以降低面筋强度并防止收缩。天冬酰胺酶是一种专门添加的酶，通过在美拉德反应发生之前将天冬酰胺转化为天冬氨酸和氨来减少烘焙食品中丙烯酰胺的形成。由于丙烯酰胺被归类为可能的人类致癌物，因此该应用已获得监管机构和消费者的关注。

在酿造过程中，β-葡聚糖酶在糖化过程中降解大麦 β-葡聚糖，降低麦芽汁粘度并提高过滤率和提取物产量。 α-淀粉酶和有限糊精酶在糖化过程中将淀粉转化为可发酵糖，而β-淀粉酶从淀粉链的非还原端产生麦芽糖。蛋白酶通过降解雾霾活性蛋白来减少雾霾形成，通过改变蛋白质结构来提高泡沫稳定性，并释放游离氨基氮 (FAN) 为酵母提供营养。淡啤酒生产中添加淀粉葡萄糖苷酶，将糊精充分转化为可发酵糖，降低残留碳水化合物含量和热量。烘焙和酿造中的酶是工业酶 的主要应用。酿造酶在糖化过程中促进淀粉转化，而酵母发酵则将糖转化为乙醇。 固定化酶 越来越多地用于连续酿造过程。