不同司法管辖区的转基因生物监管框架存在显着差异，反映了不同的公众态度、法律传统和风险管理方法。三种主要的监管模式是基于流程（欧盟）、基于产品（美国）和混合方法（日本、澳大利亚、巴西）。这些框架管理转基因作物种植和进口的审批程序、转基因食品的标签要求、可追溯性系统以及食品供应中偶然存在的未经授权的转基因材料的管理。

欧盟在严格的基于流程的监管体系下运作。 (EC) 1829/2003 法规管理转基因食品和饲料的授权，要求 EFSA 进行科学风险评估，然后由欧盟委员会和成员国做出政治决定。所有含有转基因生物或由授权事件阈值超过 0.9% 的转基因生物组成的食品和饲料产品都必须贴上标签。无论最终产品的可检测性如何，标签要求均适用，涵盖来自转基因作物的精炼油和淀粉。法规 (EC) 1830/2003 规定了整个供应链的可追溯性要求。

美国遵循生物技术监管协调框架下基于产品的方法，通过 FDA、USDA-APHIS 和 EPA 实施。 FDA 的生物技术咨询程序在自愿的基础上评估转基因作物食品的安全性，尽管所有商业化的转基因品种都经过了这一程序。 2022 年生效的国家生物工程食品披露标准 (NBFDS) 要求使用文本、符号或电子链接对生物工程食品进行标签。该标准将生物工程食品定义为含有通过体外 rDNA 技术修饰的遗传物质，不包括无法检测到修饰 DNA 的高度精炼产品。

其他主要监管制度包括日本的强制标签制度（对授权转基因事件的门槛为 5%）、澳大利亚和新西兰的 FSANZ 评估（对新型 DNA 或蛋白质进行强制标签）以及巴西部分仿照欧盟制度的综合框架。 《卡塔赫纳生物安全议定书》是《生物多样性公约》下的一项国际条约，管辖改性活生物体的越境转移、过境、处理和使用。进口商品中偶然出现未经授权的转基因事件仍然是一个重大的贸易问题，一些司法管辖区的零容忍政策导致供应链中断。监管框架负责管理转基因食品的批准，并以安全评估数据为依据。执法依靠检测方法来验证是否符合标签阈值。