米曲霉，又称曲霉，是东亚食品发酵中最重要的真菌。它用于生产曲，一种酱油、味噌、清酒和味醂的发酵剂。米曲霉生长在蒸米饭、大麦或大豆上，分泌强大的水解酶，包括 α-淀粉酶、葡糖淀粉酶、蛋白酶（酸性和碱性）和脂肪酶。这些酶将淀粉分解为可发酵的糖，将蛋白质分解为氨基酸和肽，然后在随后的发酵阶段被酵母和乳酸菌利用。尽管米曲霉与产黄曲霉毒素的黄曲霉有密切的遗传关系，但它通常被认为是安全的。

豆豉是一种原产于印度尼西亚的发酵大豆制品，采用小孢根霉菌固态发酵而成。寡孢菌（以前称为寡孢菌）。这种真菌生长为致密的菌丝体垫，将煮熟的大豆粘合成紧凑的蛋糕。在发酵过程中，根霉产生脂肪酶，将大豆脂质水解成游离脂肪酸，同时产生植酸酶，降低植酸含量，提高矿物质的生物利用度。菌丝体还产生温和的坚果味和坚实、可切片的质地。当除霉菌以外的某些细菌进行发酵时，豆豉是一种完整的蛋白质来源，也是维生素 B12 的重要来源。

罗克福蒂青霉用于生产蓝纹奶酪，如罗克福奶酪、戈贡佐拉奶酪、斯蒂尔顿奶酪和丹麦蓝奶酪。将霉菌添加到牛奶或凝乳中，并在成熟过程中在整个奶酪基质中生长。插入针或线以形成氧气通道，使专性需氧的 P. roqueforti 能够形成孢子并呈现出特有的蓝绿色。霉菌产生脂肪酶，释放游离脂肪酸和甲基酮（特别是2-庚酮），从而产生辛辣的味道。用于制作卡门培尔奶酪和布里干酪的卡门贝尔氏菌（P.cammberti）会产生白色、天鹅绒般的表面生长物，并分泌蛋白酶，使奶酪质地从外到内软化。

霉菌发酵的安全考虑集中在霉菌毒素的产生上。虽然食品发酵中使用的物种通常被认为是安全的，但仔细的菌株选择和质量控制对于防止产毒菌株污染至关重要。用于曲生产的非产毒米曲霉菌株缺乏黄曲霉毒素生物合成基因。同样，P. roqueforti 产生霉菌毒素 roquefortine C 和 PR 毒素，但这些毒素在奶酪中的浓度非常低，并且在成熟过程中大部分被降解。原材料和成品中的霉菌毒素监测计划是霉菌发酵行业的标准做法。霉菌发酵产品通常涉及一系列乳酸菌，然后是真菌生长。在某些过程中，酵母发酵 可能先于霉菌生长。某些霉菌产生的霉菌毒素需要通过霉菌毒素分析 进行仔细监测。