诺如病毒是全球急性胃肠炎的主要原因，估计占所有食源性肠胃炎爆发的 50%。它具有高度传染性，传染剂量低至10-100个病毒颗粒。传播通过粪口途径、受污染的食物（特别是来自受污染水域的贝类、新鲜农产品和受感染工人处理的即食食品）、人与人之间的接触以及受污染的表面发生。潜伏期为12-48小时，呕吐、腹泻、恶心和腹部绞痛的症状持续24-72小时。免疫力是短暂的，不同基因型的再感染很常见。

甲型肝炎病毒 (HAV) 会引起肝脏炎症，潜伏期更长，为 15-50 天（平均 28 天）。症状包括黄疸、尿色深、发烧、疲劳和腹痛。与诺如病毒不同，甲型肝炎感染可赋予终生免疫力。甲型肝炎病毒通过受污染的食物和水传播，暴发与冷冻浆果、大葱、石榴假种皮和双壳类贝类有关。疫苗是可用的，建议前往流行地区的旅行者和某些司法管辖区的食品处理人员使用。

食品中肠道病毒的检测依赖于逆转录定量 PCR (RT-qPCR)。对于贝类中的诺如病毒和 HAV，ISO 15216 标准方法规定从消化组织中提取病毒，然后进行 RT-qPCR。农产品和水中的检测使用聚乙二醇沉淀或超滤进行浓缩。对阳性结果的解释必须考虑到 RT-qPCR 无法区分感染性病毒和非感染性病毒。活力 PCR（使用 PMAxx 等嵌入染料）和细胞培养（对于 HAV，使用 FRhK-4 细胞）等替代方法可以评估感染性。

预防依赖于严格的手部卫生（酒精类消毒剂对诺如病毒的效果较差；用肥皂和水洗手至关重要）、症状消除后至少 48 小时内排除患病的食品处理人员、彻底煮熟贝类（内部温度 >90°C 持续 90 秒），以及使用氯基消毒剂对食品接触表面进行消毒。一些国家建议食品操作人员接种 HAV 疫苗。改善贝类生长区的水质管理和病毒监测对于一级预防至关重要。病毒病原体会导致食物感染，而不是中毒。与沙门氏菌等细菌病原体不同，病毒不会在食物中复制。预防依赖于手部卫生和基于 HACCP 控制。