在冷藏温度下有氧储存的新鲜肉类会形成以假单胞菌属（P. fragi、P. florescens、P. lundensis）为主的特征性腐败微生物群。这些生物体代谢葡萄糖、乳酸和氨基酸，产生挥发性化合物，包括乙酯（果味）、硫化合物（H2S、二甲硫醚）和氨。一旦葡萄糖耗尽，假单胞菌就开始代谢氨基酸，导致腐胺、尸胺和其他与腐败相关的生物胺的产生。 Brochothrix thermosphacta 也在有氧条件下生长，产生乙偶姻和二乙酰，产生酸味、乳制品般的异味。

在真空包装下，氧气的消耗选择了兼性厌氧菌和专性厌氧菌。乳酸菌（清酒乳杆菌、弯曲乳杆菌、明串珠菌）占主导地位并产生乳酸，产生酸味、酸味。 Brochothrix thermosphacta 在真空下也生长良好，特别是在存在残余氧气的情况下。肠杆菌科（包括哈夫尼亚菌和液化沙雷氏菌）可以在真空包装的肉类中生长，特别是在温度过高的情况下，产生腐胺、尸胺和硫化氢，从而产生硫化物、腐臭味。红肉的颜色变化是由肌红蛋白氧化驱动的：随着氧气的耗尽，氧合肌红蛋白（亮红色）转化为高铁肌红蛋白（棕色）。

由于海鱼中存在的三甲胺 N-氧化物 (TMAO)（一种在海鱼中发现的渗透剂）的存在，海鲜的腐败过程有所不同。耐冷革兰氏阴性菌，特别是腐败希瓦氏菌和磷光杆菌，可将 TMAO 还原为三甲胺 (TMA)，而三甲胺是产生特有“鱼腥”气味的原因。假单胞菌还会导致海鲜腐败，通过 ATP 降解产生挥发性硫化物和次黄嘌呤。组胺鱼中毒（鲭鱼中毒）是由于储存在 4-5°C 以上温度的鱼中的摩根氏菌、变形杆菌和哈夫尼亚菌将组氨酸脱羧为组胺所致。

生物胺（组胺、腐胺、尸胺、酪胺、精胺、亚精胺）是肉类和海鲜中的腐败指标。它们是由氨基酸的细菌脱羧作用产生的，其积累与微生物生长和感觉排斥密切相关。 HPLC 和 LC-MS/MS 方法用于生物胺的定量测定。肌肉食品腐败的控制依赖于快速冷却、整个冷链中严格的温度控制、卫生的屠宰和加工以及包括真空包装和气调包装（高二氧化碳、低氧气）在内的包装技术，以抑制需氧腐败微生物的生长。肉类腐败涉及嗜冷生物，它们会产生异味和粘液。组胺等生物胺是海鲜中的安全隐患。 气调包装 通过抑制需氧腐败细菌来延长保质期。