孢子形成细菌是生产耐储存的热加工食品面临的最大挑战之一。芽孢杆菌属（需氧或兼性厌氧）和梭菌属（专性厌氧）产生具有极高耐热性的内生孢子，使它们能够在杀死营养细胞的热过程中存活下来。 “商业无菌”的概念认识到，足以破坏肉毒梭菌孢子的热处理可能无法消除所有嗜热孢子形成体，但如果储存条件阻止孢子萌发和生长，则产品是安全的。

嗜热脂肪芽孢杆菌（现为嗜热脂肪地芽孢杆菌）是低酸罐头食品中平酸腐败的经典指示微生物。它是一种嗜热、专性需氧的孢子形成体，D121 为 1.5-4.0 分钟，比肉毒杆菌更耐热。平酸腐败的特点是 pH 值下降（由于在没有气体的情况下产生酸）和描述为“药味”或“金属味”的异味，并且没有可见的罐头膨胀。这种腐败通常发生在高温（43°C 以上）下储存的罐装蔬菜中，例如热带气候或仓库热滥用。

枯草芽孢杆菌和凝结芽孢杆菌（后者是酸性和酸化食品中的主要腐败剂，pH 4.0-4.6）会导致多种腐败类型。枯草芽孢杆菌产生蛋白水解酶，导致质地降解和异味。蜡样芽孢杆菌可引起食源性疾病（呕吐和腹泻综合征）和腐败，特别是巴氏灭菌乳制品和米饭。其耐冷菌株能够在冷藏温度下生长，这使得它们与冷藏食品安全和腐败相关。

在梭菌中，热解糖梭菌是一种嗜热、专性厌氧的孢子形成体，会导致罐头食品“TA 腐败”（嗜热厌氧腐败）。它会产生氢气、二氧化碳和有机酸，导致罐头膨胀并产生酸味、奶酪味。与平淡的酸腐烂不同，TA 腐烂伴随着气体的产生并且罐体膨胀。腐败梭菌和产孢梭菌会引起腐败性腐败，其特征是产生 H2S、硫醇和其他含硫化合物。控制措施包括充分的热处理、干馏后快速冷却以及低于 40°C 的储存，以防止嗜热孢子的萌发。形成孢子的腐败微生物与致病性梭菌属物种 密切相关。专为商业灭菌 设计的热工艺以肉毒杆菌为目标，但可能无法消除嗜热腐败孢子。 巴氏灭菌 不足以控制孢子。