酿酒酵母是经济上最重要的酵母菌种，数千年来一直用于烘焙、酿造、酿酒和蒸馏。它是一种芽殖酵母（子囊菌），可以在需氧和厌氧条件下生长。在有氧条件下，酿酒酵母通过呼吸将葡萄糖氧化成二氧化碳和水。在厌氧条件下，它通过 Embden-Meyerhof-Parnas 途径将葡萄糖发酵为乙醇和二氧化碳，然后丙酮酸脱羧为乙醛并还原为乙醇。克拉布特里效应描述了高葡萄糖浓度对呼吸代谢的抑制，即使在有氧存在的情况下也有利于发酵。

在酿造和酿酒过程中，酵母菌株的选择对于产品质量至关重要。艾尔酵母（S. cerevisiae）在 15-25°C 的温度下进行顶部发酵，产生果味酯和酚类物质。啤酒酵母（S. Pastorianus，酿酒酵母和 S. eubayanus 的杂交种）进行底部发酵，工作温度为 8-15°C，产生更干净的口感。在酿酒过程中，酿酒酵母通常在自然发酵阶段后由本土酵母（汉逊酵母、念珠菌）接种，从而增加了复杂性。发酵监测包括跟踪比重、乙醇浓度、pH 值和挥发酸度。

面包发酵依赖于酿酒酵母产生的二氧化碳，商业面包酵母可用作压缩奶油酵母、活性干酵母和速溶干酵母。面团发酵还产生风味前体，包括有机酸、醇和酯。酸面团发酵涉及乳酸菌和酵母（主要是米勒念珠菌或哈萨克斯坦甜瓜）的共生培养，产生乳酸和乙酸，赋予酸面团特有的味道并延长保质期。

非酵母菌因其对发酵食品和饮料的贡献而日益受到认可。布鲁塞尔酒香酵母虽然由于产生挥发性酚（4-乙基苯酚、4-乙基愈创木酚）而被许多酿酒厂视为腐败微生物，但也被有意用于某些啤酒风格（兰比克啤酒、酸艾尔啤酒）中。毕赤酵母属、克鲁维酵母属和圆孢酵母属物种用于生物调味和生物保存。这些非常规酵母表现出多种代谢能力，包括有机酸、多元醇和芳香族化合物的产生和降解。在许多传统发酵（例如酵母和开菲尔）中，酵母与乳酸菌 相互作用。 霉菌发酵 用于酱油和奶酪生产，而酵母对于开菲尔等发酵乳制品 产品至关重要。