Analisis bahaya adalah prinsip HACCP yang pertama dan paling penting. Hal ini melibatkan evaluasi secara sistematis seluruh bahan, langkah proses, dan prosedur penanganan untuk mengidentifikasi potensi bahaya yang dapat menyebabkan penyakit atau cedera jika tidak dikendalikan. Tim HACCP harus mengidentifikasi semua bahaya yang dapat diperkirakan secara wajar, dengan mempertimbangkan sifat produk, metode pemrosesan, kondisi penyimpanan, dan konsumen yang dituju. Analisis bahaya yang menyeluruh menjadi dasar bagi semua keputusan HACCP selanjutnya.
Bahaya biologis termasuk bakteri patogen seperti Salmonella, Listeria monocytogenes, Escherichia coli O157:H7, dan Campylobacter; virus seperti norovirus dan hepatitis A; parasit termasuk Trichinella spiralis dan Toxoplasma gondii; dan prion terkait dengan ensefalopati bovine spongiform. Bahaya biologis seringkali menjadi perhatian paling signifikan karena kemampuan mereka untuk berkembang biak dalam kondisi yang menguntungkan. Analisis bahaya harus mempertimbangkan patogen vegetatif, pembentuk spora seperti Clostridium botulinum dan Bacillus cereus, dan penghasil racun seperti Staphylococcus aureus.
Bahaya kimia mencakup berbagai macam zat. Bahan kimia alami termasuk mikotoksin yang dihasilkan oleh jamur, histamin pada ikan scombroid, dan glikosida sianogenik pada tanaman tertentu. Bahan kimia yang ditambahkan secara sengaja mencakup bahan tambahan makanan yang digunakan melebihi batas yang diperbolehkan, sedangkan bahan kimia yang ditambahkan secara tidak sengaja meliputi bahan pembersih dan sanitasi, residu pestisida, logam berat (timbal, kadmium, merkuri, arsenik), dan zat migran dari bahan kemasan. Alergen tergolong bahaya kimia dan memerlukan perhatian khusus karena parahnya reaksi pada individu yang sensitif.
Bahaya fisik meliputi benda asing yang dapat menyebabkan cedera bila dikonsumsi. Bahaya fisik yang umum terjadi antara lain pecahan kaca dari wadah pecah, pecahan logam dari peralatan pengolahan, plastik keras dari komponen mesin, batu dan lubang dari bahan mentah pertanian, pecahan tulang pada daging dan produk unggas, serta pecahan serangga atau kotoran lainnya. Evaluasi setiap bahaya yang teridentifikasi melibatkan penilaian tingkat keparahan potensi dampak buruk terhadap kesehatan dan kemungkinan terjadinya, biasanya menggunakan pendekatan matriks risiko. Diagram alur proses merupakan alat penting untuk melakukan analisis bahaya secara menyeluruh, dan pohon keputusan dapat membantu dalam menentukan apakah bahaya yang teridentifikasi bersifat signifikan. Analisis bahaya adalah dasar dari rencana HACCP. Bahaya kimia mencakup kontaminan kimia seperti pestisida dan logam berat, sedangkan kontaminan fisik seperti kaca dan logam memerlukan teknologi deteksi.
