Mikotoksin adalah metabolit sekunder beracun yang dihasilkan oleh jamur berfilamen yang mencemari makanan dan pakan di seluruh dunia. Genera penghasil mikotoksin utama adalah Aspergillus, Penicillium, dan Fusarium. Mikotoksin stabil secara kimia dan dapat bertahan dalam operasi pemrosesan makanan termasuk memasak, memanggang, dan ekstrusi. Paparan kronis terhadap mikotoksin tingkat rendah dikaitkan dengan efek karsinogenik, nefrotoksik, hepatotoksik, imunotoksik, dan estrogenik. Perdagangan global komoditas pertanian memerlukan batasan peraturan yang selaras dan metode pengujian yang andal.
Aflatoksin diproduksi terutama oleh Aspergillus flavus dan A. parasiticus dan merupakan salah satu karsinogen alami paling ampuh. Aflatoksin B1 diklasifikasikan sebagai karsinogen manusia Grup 1 oleh IARC. Empat aflatoksin utama adalah B1, B2, G1, dan G2, dengan B1 menjadi yang paling beracun dan umum. Ketika sapi perah mengonsumsi pakan yang terkontaminasi aflatoksin B1, ia dimetabolisme dan dikeluarkan sebagai aflatoksin M1 dalam susu, yang juga diatur. Aflatoksin mencemari jagung, kacang tanah, kacang pohon, biji kapas, dan rempah-rempah, terutama dalam kondisi panas dan lembab selama prapanen dan penyimpanan.
Ochratoxin A diproduksi oleh Penicillium verrucosum dan beberapa spesies Aspergillus, mencemari sereal, kopi, buah kering, anggur, dan bir. Ini bersifat nefrotoksik dan diklasifikasikan sebagai kemungkinan karsinogen bagi manusia (Kelompok 2B). Fumonisin, terutama diproduksi oleh Fusarium verticillioides, mengkontaminasi jagung dan produk berbahan dasar jagung dan berhubungan dengan kanker esofagus dan cacat tabung saraf. Deoxynivalenol (DON, muntahan), diproduksi oleh Fusarium graminearum, menyebabkan gastroenteritis dan penolakan pakan pada hewan. Patulin yang dihasilkan oleh Penicillium expansum ditemukan pada apel dan produk apel. Zearalenone memiliki efek estrogenik dan menyebabkan gangguan reproduksi pada ternak.
Batasan peraturan untuk mikotoksin berbeda-beda di setiap negara dan komoditas. UE memiliki beberapa batasan yang paling ketat: aflatoksin B1 dalam sereal sebesar 2 µg/kg, aflatoksin total sebesar 4 µg/kg, dan aflatoksin M1 dalam susu sebesar 0,05 µg/kg. Metode deteksi meliputi HPLC dengan deteksi fluoresensi (HPLC-FLD) untuk aflatoksin dan okratoksin A, LC-MS/MS untuk analisis multimikotoksin, dan ELISA untuk skrining cepat. Strategi pencegahannya menekankan praktik pertanian yang baik, pengeringan biji-bijian yang benar hingga tingkat kelembapan di bawah 14%, kondisi penyimpanan yang terkendali, dan penggunaan varietas tanaman yang tahan jamur. Jamur penghasil mikotoksin berhubungan dengan organisme ragi dan pembusukan jamur, meskipun beberapa jamur digunakan secara bermanfaat dalam fermentasi jamur. Mikotoksin diklasifikasikan sebagai kontaminan kimia dalam manajemen keamanan pangan.