Sekuensing generasi berikutnya (NGS) mencakup serangkaian teknologi sekuensing modern yang dapat menyekuensing jutaan fragmen DNA secara paralel, memungkinkan sekuensing seluruh genom dengan cepat dan terjangkau. Platform seperti Illumina, Ion Torrent, dan PacBio mendominasi bidang ini.
Cara Kerja NGS (Platform Illumina)
- Persiapan Pustaka
DNA difragmentasi menjadi potongan-potongan kecil, biasanya 200–600 pasang basa. Adaptor — sekuens pendek yang diketahui — diligasikan ke kedua ujung setiap fragmen. Adaptor ini memungkinkan fragmen mengikat ke flow cell dan berfungsi sebagai situs priming untuk sekuensing.
- Generasi Klaster
Pustaka dimuat ke flow cell yang permukaannya dilapisi dengan oligonukleotida komplementer. Setiap fragmen mengikat ke flow cell dan mengalami amplifikasi jembatan: fragmen membungkuk, untai baru disintesis, dan proses berulang, menciptakan klaster dari ribuan salinan identik setiap fragmen.
- Sekuensing dengan Sintesis
Nukleotida berlabel fluoresen dialirkan ke flow cell satu per satu. Setiap nukleotida memiliki terminator reversibel yang memungkinkan hanya satu basa ditambahkan per siklus. Setelah setiap siklus, fluoresensi dicitrakan untuk mengidentifikasi basa mana yang ditambahkan ke setiap klaster.
- Analisis Data
Jutaan bacaan sekuensing dihasilkan. Bacaan ini diselaraskan ke genom referensi atau dirakit de novo. Alat bioinformatika mengidentifikasi varian genetik, tingkat ekspresi gen, atau modifikasi epigenetik tergantung pada aplikasinya.
- Aplikasi
NGS digunakan untuk sekuensing seluruh genom, panel gen tertarget, sekuensing RNA, analisis epigenetik, dan metagenomik, di antara banyak aplikasi lainnya.
