Norovirus adalah penyebab utama gastroenteritis akut di seluruh dunia, dan bertanggung jawab atas sekitar 50% dari seluruh wabah penyakit bawaan makanan. Penyakit ini sangat menular, dengan dosis menular serendah 10-100 partikel virus. Penularan terjadi melalui jalur fekal-oral, makanan yang terkontaminasi (terutama kerang dari perairan yang tercemar, produk segar, dan makanan siap saji yang ditangani oleh pekerja yang terinfeksi), kontak orang ke orang, dan permukaan yang terkontaminasi. Masa inkubasinya 12-48 jam, dengan gejala muntah, diare, mual, dan kram perut berlangsung 24-72 jam. Imunitasnya berumur pendek, dan infeksi ulang dengan genotipe yang berbeda sering terjadi.
Virus Hepatitis A (HAV) menyebabkan peradangan hati dengan masa inkubasi lebih lama yaitu 15-50 hari (rata-rata 28 hari). Gejalanya meliputi penyakit kuning, urin berwarna gelap, demam, kelelahan, dan sakit perut. Berbeda dengan norovirus, infeksi hepatitis A memberikan kekebalan seumur hidup. HAV ditularkan melalui makanan dan air yang terkontaminasi, dan wabah terkait dengan buah beri beku, daun bawang, buah delima, dan kerang kerang. Vaksin telah tersedia dan direkomendasikan bagi wisatawan yang bepergian ke daerah endemis dan penjamah makanan di beberapa yurisdiksi.
Deteksi virus enterik dalam makanan bergantung pada transkripsi balik kuantitatif PCR (RT-qPCR). Untuk norovirus dan HAV pada kerang, metode standar ISO 15216 menetapkan ekstraksi virus dari jaringan pencernaan diikuti dengan RT-qPCR. Deteksi pada produk dan air menggunakan presipitasi polietilen glikol atau ultrafiltrasi untuk konsentrasi. Interpretasi hasil positif harus memperhitungkan ketidakmampuan RT-qPCR untuk membedakan virus menular dan tidak menular. Metode alternatif seperti viabilitas PCR (menggunakan pewarna interkalasi seperti PMAXx) dan kultur sel (untuk HAV, menggunakan sel FRhK-4) dapat menilai infektivitas.
Pencegahan bergantung pada kebersihan tangan yang ketat (pembersih berbahan dasar alkohol kurang efektif melawan norovirus; mencuci tangan dengan sabun dan air sangat penting), mengecualikan penjamah makanan yang sakit setidaknya selama 48 jam setelah gejala hilang, memasak kerang secara menyeluruh (suhu internal >90°C selama 90 detik), dan sanitasi permukaan yang bersentuhan dengan makanan dengan disinfektan berbahan dasar klorin. Vaksinasi HAV pada penjamah makanan direkomendasikan di beberapa negara. Peningkatan pengelolaan kualitas air dan pemantauan virus di wilayah budidaya kerang sangat penting untuk pencegahan primer. Patogen virus menyebabkan infeksi makanan daripada keracunan. Berbeda dengan bakteri patogen seperti Salmonella, virus tidak berkembang biak di dalam makanan. Pencegahan bergantung pada kebersihan tangan dan kontrol berbasis HACCP.
