食物过敏原是在敏感个体中引发异常免疫反应的蛋白质，从轻度荨麻疹到危及生命的过敏反应。主要监管框架认可的九大过敏原是牛奶、鸡蛋、鱼类、甲壳类贝类、木本坚果（杏仁、核桃、腰果等）、花生、小麦、大豆和芝麻。这九种食物约占所有食物过敏反应的 90%。与其他食品安全危害不同，过敏原不会对普通人群构成风险，使其管理成为食品生产环境中的独特挑战。

当过敏原无意中从含有过敏原的食品转移到不含过敏原的食品时，就会发生交叉接触。这与涉及微生物病原体的交叉污染不同。交叉接触可能通过共用加工设备、空气中的灰尘、油炸产生的油气溶胶、返工和员工处理而发生。在同一条生产线上生产多种产品配方的设施中，风险会放大。专用生产线和设施可提供最高水平的过敏原控制，但在经济上往往不切实际。共享设备需要在含过敏原和无过敏原的运行之间进行经过验证的清洁程序。

清洁验证对于过敏原管理至关重要。常见方法包括目视检查、用于一般清洁度的 ATP 生物发光、使用比色测试的蛋白质拭子以及使用针对残留蛋白质（例如麸质、牛奶、鸡蛋、花生、杏仁）的 ELISA 试剂盒进行特定过敏原检测。侧流装置提供快速的现场测试。清洁验证方案必须证明过敏原蛋白已降低至低于与相关过敏原参考剂量相对应的阈值水平。清洁程序可能涉及使用经过验证的清洁剂进行湿式清洁、使用真空吸尘器和擦拭物进行干式清洁或产品推送协议。

全球过敏原标签规定各不相同。在美国，FALCPA 要求任何含有主要过敏原蛋白质的成分均应使用过敏原的通用名称进行声明。欧盟消费者食品信息 (FIC) 法规强制要求类似的标签，并强调清晰的表述。预防性过敏原标签 (PAL)，例如“可能含有”声明，是自愿使用的，以表明意外过敏原存在的风险。然而，过度使用 PAL 会限制消费者的选择，并且越来越多地被使用参考剂量和作用水平的基于风险的方法所取代。过敏原管理已纳入HACCP 计划，并需要完整的文档。交叉接触必须与过敏原交叉污染区分开来，过敏原风险也不同于消费者的食物过敏和不耐受。