食品中的化学污染物源自环境污染、农业实践、工业加工和包装迁移。与微生物危害不同，化学污染物通常不会通过烹饪或热处理而被破坏，因此预防成为主要的控制策略。化学污染物大致分为自然产生的、环境的、过程产生的或食品接触材料迁移的污染物。监管限值是根据毒理学评估制定的，并通过全球监测计划强制执行。

农药残留是一类重要的化学污染物。有机磷酸酯和氨基甲酸酯会抑制乙酰胆碱酯酶，并广泛用于作物保护，而滴滴涕等有机氯虽然在许多国家被禁止，但仍然存在于环境中并在脂肪组织中积累。根据良好农业实践和膳食暴露评估，为每种农药-作物组合制定了最大残留限量 (MRL)。监测计划始终显示，大多数食品样本均符合法律限制，但某些进口商品和淡季产品的违规率较高。

铅 (Pb)、镉 (Cd)、汞 (Hg) 和无机砷 (As) 等重金属通过受污染的土壤、水和空气进入食物链。铅在骨骼中积聚并引起神经发育影响，谷物、蔬菜和饮用水是主要的暴露源。镉会在肾脏中积聚，在受污染土壤上生长的贝类、内脏和绿叶蔬菜中含量最高。汞，特别是甲基汞，会在掠食性鱼类中生物富集并导致神经损伤。砷主要以无机形式存在于大米和大米制品中，被列为人类致癌物。

过程污染物是在食品加工和烹饪过程中形成的。丙烯酰胺在 120°C 以上的高温烹饪过程中由天冬酰胺和还原糖形成，主要存在于马铃薯产品、咖啡和烘焙食品中。多环芳烃 (PAH) 是在肉类和鱼类的烧烤和熏制过程中产生的。呋喃是在罐装食品的热处理过程中形成的。氯丙醇如 3-MCPD 是在蛋白质酸水解和植物油精炼过程中产生的。氨基甲酸乙酯存在于发酵食品和酒精饮料中。包装迁移物，包括环氧树脂罐内衬中的双酚 A 和塑料材料中的邻苯二甲酸盐，仍然是积极研究和监管关注的领域。 危害分析 流程将化学危害识别为 HACCP 的一部分。 霉菌毒素 是一类重要的天然化学污染物。使用原子光谱 对重金属进行定量。