基于片段的药物设计（FBDD）是一种先导化合物发现方法，针对靶蛋白筛选小型低分子量化合物（片段）。片段文库通常为100–300 Da，远小于传统高通量筛选文库中的化合物。片段结合较弱，亲和力在微摩尔到毫摩尔范围，但通过与靶标形成高质量相互作用而实现高配体效率。

片段筛选识别与靶标结合的简单化学基序，随后通过结构导向的药物化学将其扩展为更大、更高亲和力的化合物。这种方法比高通量筛选更有效地覆盖化学空间，因为需要更少的片段即可采样相同的多样性。

片段文库设计注重结构多样性、水溶性和[X射线晶体学](/guides/x-ray-crystallography.html)适用性。典型文库包含1,000–3,000个片段。筛选方法必须检测弱结合，包括[核磁共振波谱](/guides/nmr-spectroscopy.html)、表面等离子体共振、热位移分析和质谱。片段浸泡晶体的X射线晶体学提供详细的结合模式信息。

片段的先导化合物优化策略包括片段连接（将在邻近位点结合的两种片段通过连接子连接）、片段合并（合并多个片段的特征）以及片段生长（将片段扩展到相邻结合口袋）。配体效率指标包括结合效率指数和亲脂效率指导优化。